柯南在垃圾桶里發(fā)現(xiàn)了被丟掉的便簽紙，客房服務(wù)員也說自己曾在門外發(fā)現(xiàn)了一張寫有奇怪內(nèi)容的字條，這時，警方說在兇器電話線上發(fā)現(xiàn)了小五郎的指紋，案件的偵破進入了死胡同，兇手到底是誰呢？妃英理隨意的一句話提醒了柯南，沒錯兇手就是那個人！得知了真相以后，柯南、妃英理和警方聯(lián)手將兇手引入到他們設(shè)下的陷阱之中。

茂木認為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個人居然是……柯南引導(dǎo)她說出了整件事的真相，而這時，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

被害的真紀的因為錢包不見了，被疑為是強盜殺人。乍看之下雖然像是強盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學(xué)生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場證明是否可以確立，這時這一行人中復(fù)雜的人際關(guān)系一點一點浮現(xiàn)出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個邪惡的計劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。

柯南在從大阪回來的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉。途中車內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時留下高木警官的時候，犯人小倉要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉血跡的疑點，并推斷出這是他殺時間而非自殺。

某天突然神秘女子池波來到事務(wù)所說要尋找中學(xué)同學(xué)柴田。通過池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他們一行人立刻去了柴田家。就在進入池田家的時候卻發(fā)現(xiàn)池田已經(jīng)被殺害而死時手里捏著的正式池波年輕時的照片！而柯南對這位委托人不夠完美的說詞充滿了疑問。在不斷的調(diào)查中柯南發(fā)現(xiàn)神秘女子的疑團不斷增多，池波究竟是何方神圣？