14年前，3個男孩兒偷偷溜進一座被廢棄的房子里玩耍，奇異的事件發生了，兩個男孩兒離奇失蹤，只有一個名叫賴安·梅森的孩子留了下來，然而人們卻一直認為賴安是傷害其他兩個孩子的兇手。其中一個失蹤男孩兒的哥哥警官丹尼·奎恩一直關注著這座廢棄的房子，想搞清楚事實的真相。而此時，卡特的異常點預測也指向了這座房子。珍妮帶領艾比和康納來到了這座所謂的兇宅，發現了善于偽裝的遠古怪物，就在大家全力與怪物搏斗時，異常點開啟了，怪物恰在此時走進了它等待了14年才開啟的大門，回到了它原本生活的地方。

異常點出現在金融大亨家的公寓里，來取文件的助理勞埃德出于好奇穿過了異常點，可是他卻不小心感染了某種真菌，這種真菌的侵略性極強，凡是接觸到它的人最終都會完全被細菌所吞噬變成可怕的真菌怪物。丹尼獨闖異常點研究中心，并毅然帶領著大家一起與這種真菌做斗爭，最終取得了勝利。萊斯特任命丹尼為異常點研究中心的負責人，接替卡特的工作。

一個異常點出現在居民區附近的排水管道里，小女孩Taylor和她的寵物狗雙雙闖了進去，被困在黃沙漫天的志留紀。與此同時，Cutter和Connor也發現了這個異常點，但最讓他們驚訝的是：Connor剛剛建成的追蹤系統被人植入了間諜軟件！ 搶先一步截獲信息Leek派遣幾名雇傭兵進入了異常點，但是他們卻被突如其來的怪獸給吞沒。Helen再次來到Stephen家中，明確告訴Stephen－－他被人欺騙了。Stephen懷疑Lester在幕后搗鬼，但是Helen卻不正面回答，反而要Stephen多留心Cutter。乘Stephen不注意，Helen偷偷打電話指示Leek下一步的行動。 向Stephen征求意見后，Connor決定鼓起勇氣向Abby表白愛意，并徹底與Caroline分手。可是見到Abby，Connor又不知從何說起。氣急敗壞的Caroline乘Connor和Abby不在家，打暈了Rex，并將其偷走！ Connor帶著他的新發明來到異常點，眾人赫然發現幾乎沒有生命跡象的黃沙中坐著一個小女孩－－正是Taylor！Cutter和Stephen穿越異常點去救人，Cutter發現了失蹤的雇傭

又一個地方發現了遠古生物殺害人類的事件，Cutter等人義不容辭的參與真相調查。被害人是在泳池被一個類似鱷魚的巨型生物吞下，其殘骸竟然在30公里以外的海域被發現，處處充滿危險，情況非常緊急。通過一系列調查，在海域附近發現了一些線索，Cutter等人相信在這片海域下面一定存在通向遠古的異常點。Cutter帶人下水查看，總算找到了異常點， Connor 和Abby二人在岸邊卻遭到怪獸攻擊，差點喪命。一個普通公民家里的地下室突然被水淹沒，似乎被怪獸侵入，并且導致一名工人被襲擊，令人更加意外的是竟然還發現了當時在海域失蹤的特種潛水員的尸體。Stephen突然記起自己受傷時的一些事情，包括在朦朧中見到Helen，Cutter 再次萌生想進入異常點尋找妻子Helen的想法。在獲得政府相關官員允許后，Cutter 獨自一人進入了水底的異常點，來到了遠古時代。不出所料Cutter見到了思念已久的妻子，對妻子八年來的所作所為，Cutter 非常不解，Helen想要Cutter和自己并肩戰斗，但Cutter卻一心只想把妻子帶回，Cutter最終還是將Helen留在了遠古時代，自己一人返回。不料途中遭到怪獸

丹尼帶領大家追蹤海倫來到未來世界，卻發現自己進入了未來的異常點研究中心，海倫利用神秘盒子在未來的電腦中制作出了時空旅行圖，復制到手持設備上之后毀掉了盒子，并沖進了新開啟的異常點。康納結合各種線索，確認海倫要回到400萬年前，殺死人類的始祖“能人”，以此消滅人類，達到凈化地球的目的。眾人利用手電中的電池重啟電腦，復制出一臺手持設備，在掠食者撲上來的一剎那進入了時空隧道，來到了白堊紀。白堊紀的恐龍襲擊令康納受傷，丹尼只身再次穿越異常點，追蹤海倫來到400萬年前。盡管海倫殺死了一批能人，但她卻被白堊紀穿越來的恐龍殺死。丹尼在找到其他能人后，確認人類不會滅亡，于是開始返回白堊紀與康納等人會合，沒想到異常點關閉了，丹尼被困在了遠古時代。"