魏軍與蜀軍交兵于祁山，司馬懿（魏宗萬飾）屢次中計，于是閉門不出，以逸待勞。劉禪恢復了諸葛亮丞相的職位，但這時諸葛亮的身體已經大不如前。諸葛亮設計引魏軍出戰，司馬懿與諸葛亮斗智斗勇，知道這是諸葛亮的誘敵之計，于是分兵兩路夾擊蜀軍，諸葛亮也做好了周密的部署，分兵四路對抗魏軍。此時魏延（王心海飾）已經有了反心。魏軍慘敗。諸葛亮卻重病倒下，全軍撤回漢中。一年后魏軍率兵四十萬直逼漢中，諸葛亮訂下退敵之策準備再出祁山。連降秋雨，魏軍冒雨而退，諸葛亮乘勢再出祁山。

馬謖不聽王平的當道扎營之策，執意屯兵于山上。司馬懿派張郃阻攔王平，自己派兵防守水道，圍山放火。諸葛亮（唐國強飾）看到王平繪制的街亭地圖及軍事布防，悲憤不已，并猜到了司馬懿的戰術，速派楊儀出兵匯合王平解救馬謖。楊儀半途接報街亭失守。諸葛亮聞訊知大勢已去，命將士們準備回漢中。諸葛亮搬運糧草之時，司馬懿率大軍瀕臨城下。諸葛亮撫琴于空城之上，并大開城門。司馬懿聽琴觀勢，誤以為諸葛亮設下埋伏，慌忙撤離，再回來時對諸葛亮之計佩服不已。諸葛亮拒絕三軍將領的求情，依軍法，斬了馬謖，悔恨自己沒聽劉備（孫彥軍飾）遺言不可重用馬謖，自降職務，休整蜀軍，以備伐魏。諸葛亮欲伐魏之時，得知趙云辭世，悲痛不已。

周瑜（洪宇宙飾）用計除掉了曹軍的水兵將領蔡瑁等人，并讓魯肅去試探諸葛亮（唐國強飾）是否知道此計。諸葛亮看到魯肅，便和他聊起何為明將帥之道和《七十二侯圖》的妙用。諸葛亮突然說出周瑜的計策令魯肅深感意外，并告訴魯肅不要對周瑜說出自己知道此計，恐周瑜加害自己。周瑜知道諸葛亮如此料事如神，便出十日內造十萬支箭的難題來加害諸葛亮。諸葛亮答應只需三日，并立下軍令狀。魯肅知道諸葛亮大禍將至，便說偷偷送他走。諸葛亮拒絕，向魯肅借了二十只船，少許軍士，備齊鼓樂，各扎草人一千余個，并讓魯肅這次不要告訴周瑜。三日后夜晚，諸葛亮邀來魯肅，在船中撫琴飲酒，借著夜色和大霧，命船隊駛向曹營。魯肅不解其意，恐慌不已。待船隊靠近曹營，諸葛亮命軍士點燈吶喊，鼓樂齊響。曹操（鮑國安飾）誤以為周瑜來犯，恐其借大霧埋伏，便命弓弩手亂箭退之。天亮霧散時，十萬支箭已獲，曹操才知上當。諸葛亮說出玄機，魯肅佩服至極，周瑜自愧不如。為破曹軍，諸葛亮和周瑜不謀而合，定下火攻之計。

三國歸晉

孟獲回去后讓其弟孟優向蜀軍詐降，諸葛亮（唐國強飾）將計就計款待孟優，設下伏兵等侯孟獲，孟獲夜襲被再次生擒。孟獲等人被再次放回，不料自己的營寨已被蜀軍占領，只好逃到其夫人營寨。孟獲起兵來犯，諸葛亮暫避其鋒芒。諸葛亮設下空營，孟獲以為蜀國受敵便急追回撤的蜀軍，豈料又中了蜀軍重重埋伏，最后被生擒。孟獲不服，再次被放，投奔了朵思大王。蜀軍山林行軍，口渴時誤飲毒泉之水，部分將士中毒，口不能言。諸葛亮親自走訪，終遇一位高人，才得知此處安樂泉水可解此毒。此高人乃孟獲之兄孟節，他對孟獲不從王化很是氣憤，并幫助蜀軍安全渡過各種毒泉、毒氣等有害之障。孟節還告訴諸葛亮楊鋒與孟獲有不解之仇。楊鋒率兵假借幫助孟獲而接近他，趁孟獲不備，將其生擒，送于諸葛亮。孟獲仍是不服，諸葛亮很是氣憤，但為收其心，再次放之。