朱蒂向小蘭和園子坦白了自己FBI的身份，而朱蒂還向小哀提議加入證人保護計劃。另一方面從學(xué)?；貋淼穆飞喜矫琅c柯南他們分手后徑自往家走。突然她和一個穿雨衣的男人撞在一起并倉皇離去，而這個人卻是殺人嫌疑犯！在警方的調(diào)查中步美說出手上發(fā)現(xiàn)了一個類似""5""似的記號，而這個記號究竟又是什么意思呢？

柯南、小蘭與小五郎因車子沒油了，得到木山家具社長馬島的款待。社長家的宅院每天會流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號店，聚集了眾多相關(guān)者開宴會。而從設(shè)計石庭的前社長的兒子、木山智則開始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長死在了石庭的中央！

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會那里派來的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出醫(yī)生接她看病的時候，茱蒂老師居然出現(xiàn)在門外。另一邊，幽靈船上的宴會剛開始，船長就被不明人士用十字弓射殺，而在他的胸前還出現(xiàn)了一張惡魔牌，在對工作人員進(jìn)行詢問之后，小五郎認(rèn)為兇手就是與自己一組的但將惡魔牌遺失的木乃伊，以此同時，和小五郎同組的隱形人獨自一人展開了調(diào)查，并且還發(fā)現(xiàn)了不少線索，他利用廣播將船艙內(nèi)的客人叫的甲板，在揭秘兇手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的偽裝……

為調(diào)查鬼屋真相搜集更多的線索，柯南和小五郎一起對這棟公寓的其他三位住戶進(jìn)行詢問，四谷和番町的房間里都擺滿了各種恐怖碟片以及會發(fā)光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生則是名絕對的無神論者，調(diào)查期間，總有飛蛾圍繞在他們身邊，這讓柯南靈光一現(xiàn)，沒錯，這些恐怖現(xiàn)象確實是人為的，并且這還與四年前那具死在公園里的女性焦尸相關(guān)，而兇手就是他！