阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實(shí)此人正是俗稱“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢原祐二。為了解開謎團(tuán)，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢的場面。想要解圍的柯南在和伊勢一起逃亡的過程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運(yùn)將會(huì)如何？

7年前杯戶街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當(dāng)時(shí)只有一個(gè)目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來度假的客人井出正也無意間談起了7年前很熱門的特?cái)z劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因?yàn)楫?dāng)年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。

若狹老師不慎將話劇演出要用的屏風(fēng)弄臟，柯南一行跟著若狹老師回到公寓幫忙重畫，完工后隔壁房間傳來了噪音，元太和柯南前去抗議時(shí)遇到了新的案件。死者是一名模特，而她的男友是有名的高爾夫運(yùn)動(dòng)員，若狹老師在早上聽到了兩人的爭吵，而柯南已經(jīng)確定了誰是兇手，現(xiàn)在只差找到關(guān)鍵的證據(jù)。

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點(diǎn)。爭吵過后岳美負(fù)氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

建太去撿球時(shí)透過窗戶發(fā)現(xiàn)了一個(gè)人身受重傷靠在沙發(fā)上，待大家發(fā)現(xiàn)后檢查傷者已經(jīng)死亡。柯南不認(rèn)為這是起意外事件，因?yàn)榭蛷d里還躺著另外一名死者。經(jīng)警察調(diào)查后得知受傷死者是房地產(chǎn)老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開除，警察推測這可能是柴田的殺人動(dòng)機(jī)。事件發(fā)生時(shí)河合的妻子優(yōu)子正在家中二樓睡覺，沒有聽到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。