柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來(lái)到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲的貨車到達(dá)。垂水打開(kāi)貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來(lái)。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來(lái)的電話，說(shuō)中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。

小五郎一行人駕車來(lái)到杯戶中央橋卻并沒(méi)有任何發(fā)現(xiàn)，這時(shí)，園子突然打來(lái)電話，小蘭從園子那里得知了板垣樂(lè)隊(duì)的標(biāo)志正是釘子，于是一行人又來(lái)到了附近的紋身店，并從顧客所留的照片中將嫌疑鎖定在三個(gè)身上，如今有關(guān)鋸子和釘子的線索都得到了解釋，那目擊者所看到的錘子又是什么呢？注意到對(duì)面的大樓后，柯南知道所謂的錘子，在他的提示下小五郎找到了兇手。回家路上，柯南洞察到了本堂瑛佑的意圖，他到底是什么人？

少年偵探團(tuán)聽(tīng)同學(xué)說(shuō)她們家的房客中有一個(gè)十分刻板且循規(guī)蹈矩的男人，尤其是遇上亂扔垃圾的人就會(huì)對(duì)他們訓(xùn)斥一番，出于好奇，柯南他們便前去見(jiàn)這個(gè)叫巖田的先生。沒(méi)想到三天之后，巖田居然去警局自首說(shuō)自己失手殺人，雖然是正當(dāng)防衛(wèi)不予追究，但警察還是對(duì)巖田的生活以及他的朋友等人進(jìn)行了調(diào)查，卻發(fā)現(xiàn)事情并不像他描述的那么簡(jiǎn)單。

服部打電話告訴柯南雖然沒(méi)有查到水無(wú)憐奈的過(guò)去，但是找到了關(guān)于神秘轉(zhuǎn)學(xué)生本堂英祐的事情，于是，柯南根據(jù)服部所提供的情報(bào)和阿笠博士、灰原來(lái)到了據(jù)說(shuō)有英祐父親照片的模型店店長(zhǎng)的家中，可是，店長(zhǎng)卻發(fā)現(xiàn)柯南要找的照片突然不見(jiàn)了，并且根據(jù)房中所留下的痕跡來(lái)看，柯南斷言一定有人曾入侵過(guò)這個(gè)房間。

柯南和灰原把撿到的貓還給飼主石上時(shí)，對(duì)面的高利貸事務(wù)所發(fā)生了命案，死者正是事務(wù)所的老板，他的后腦勺因遭到招財(cái)貓的重?fù)舳溃履习l(fā)現(xiàn)吸塵器的集塵袋被人拿走，并且還在沙發(fā)下找到了招財(cái)貓的爪子，警方將出現(xiàn)在現(xiàn)場(chǎng)的村井千佳小姐帶來(lái)，一番詢問(wèn)，村井承認(rèn)了自己的罪行，就在警察準(zhǔn)備帶走犯人時(shí)，柯南將小五郎麻醉道出了這件命案的真兇！