服部和女友和葉受人委托前往鳥(niǎo)取縣傀儡嶺的武田家，但卻在途中迷路，還遇到了一位叫羅伯泰勒的外國(guó)人，這時(shí)，同樣受到武田家的邀請(qǐng)，為他們解開(kāi)傀儡嶺蜘蛛之家謎團(tuán)的柯南等人剛好從旁邊經(jīng)過(guò)，在他們到達(dá)的當(dāng)天晚上，武田家的長(zhǎng)子信一在木偶倉(cāng)庫(kù)的二樓吊死，接著和葉的身后出現(xiàn)了可疑的人影。

柯南用自己的方式證實(shí)了義房身份并未偽造，經(jīng)過(guò)院子的時(shí)候，廣美和有希子談起了15年前自己母親從這里落井死亡的事，突然，柯南看到了木門(mén)那邊有個(gè)可疑人影。當(dāng)晚，大家輪流洗澡時(shí)，去外面加柴的廣美發(fā)出叫聲，她看到了可疑人影，并在古井發(fā)現(xiàn)了二媽真知子的尸體，而家里的汽車(chē)也莫名被停到了森林。這時(shí)，藪內(nèi)家的律師趕來(lái)宣讀遺囑，期間，義房差點(diǎn)被人蓄意設(shè)計(jì)的十字弓殺死。

少年偵探團(tuán)因成功抓捕強(qiáng)盜而大出風(fēng)頭，某日，大家一起外出的時(shí)候，步美被一輛急駛而過(guò)的紅色轎車(chē)撞傷，柯南用滑板載著光彥和元太一起去追肇事車(chē)輛，奇怪的是，每到轉(zhuǎn)角車(chē)子都會(huì)停下來(lái)，好像故意等他們一樣，當(dāng)柯南等人追到石倉(cāng)工廠時(shí)，車(chē)子不見(jiàn)蹤影，之后，車(chē)子有突然出現(xiàn)并一路駛向警察局，沒(méi)過(guò)得多久，柯南等人得知石倉(cāng)工廠發(fā)生了命案……

學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒(méi)請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問(wèn)及此事時(shí)，大家也都避而不語(yǔ)，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶(hù)后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

柯南、小蘭和園子一起在天臺(tái)上等待看流星，和他們一起的還有三個(gè)東都大學(xué)研究所的學(xué)生，期間，野中和秋本去對(duì)面的電視轉(zhuǎn)播塔進(jìn)行攝影，臨走前秋本告訴他們會(huì)有人造衛(wèi)星經(jīng)過(guò)，讓他們注意觀測(cè)。過(guò)了一會(huì)，秋本從轉(zhuǎn)播塔那邊回來(lái)，留下野中一人攝影，就在大家看向?qū)γ娴臅r(shí)候，野中從塔上墜落，趕到現(xiàn)場(chǎng)后，他已氣絕身亡，這到底是意外事故還是有人蓄意謀殺？