正在用餐的毛利突然接到了一通電話，而打來(lái)的人是曾近因?yàn)殂y行搶劫而被毛利逮捕的冰室，在電話中冰室說(shuō)有一個(gè)人會(huì)因?yàn)槊廊ァＣc冰室沖突的一面被很多人目睹，而曾經(jīng)指正過(guò)冰室的沼尾不幸墜亡，毛利不光名聲受到了影響還間接為冰室做了不在場(chǎng)證明，看到整日酗酒的毛利后柯南準(zhǔn)備出場(chǎng)了。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

泡沫、熱氣和煙的實(shí)驗(yàn)與室溫并沒(méi)有關(guān)系，在聽(tīng)到三人單獨(dú)的問(wèn)話后柯南鎖定了兇手。再次來(lái)到公寓的柯南又實(shí)施了實(shí)驗(yàn)，事發(fā)時(shí)吵鬧不停的鬧鐘和他們到達(dá)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)間成為了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在場(chǎng)證明假象的手法，案件的真相終于揭曉，而在真相的背后又隱藏著不為人知的悲劇。

高木警官完全沒(méi)有向任何人告知行蹤便獨(dú)自出了遠(yuǎn)門(mén)，在警視廳門(mén)前等待高木警官的少年偵探團(tuán)們遲遲等不來(lái)人，這時(shí)一個(gè)男人交給了他們一個(gè)說(shuō)是高木警官送來(lái)的包裹。佐藤警官打開(kāi)包裹后發(fā)現(xiàn)里面放著一個(gè)平板電腦，按下電源后看到的竟然是身處于危險(xiǎn)之中的高木警官，即便高木警官還保持著冷靜，但體力透支的他還能撐多久？

阿笠博士為了鑒定古董壺的價(jià)值而在影音網(wǎng)站上傳了影像，沒(méi)想到卻引起了這次的綁架事件。就在柯南等人重新購(gòu)買(mǎi)咖喱食材的那段時(shí)間內(nèi)，在家里的阿笠博士被電暈，而和博士在一起的步美也被綁架了，而綁架犯的目標(biāo)卻是讓柯南他們尋找簡(jiǎn)訊中的貓，在柯南等人來(lái)回奔波時(shí)綁架犯又發(fā)來(lái)了訊息，聲稱找到貓的綁架犯釋放了步美，但他們的真正目的到底是什么？