陶謙手下因為圖財害命而殺曹操之父，曹操（鮑國安飾）為報殺父之仇，領兵殺赴徐州陶謙。糜竺前往孔融處請求救兵，正在孔融處投靠的劉備（孫彥軍飾）、關羽（陸樹銘飾）、張飛（李靖飛飾）三人決定前往救助徐州。陶謙感激劉備的仁義，加之自己老邁多病，欲讓出徐州，但劉備只因大義而來相助，并非想吞并徐州，因而一讓再讓，并提出先退曹操之兵。此時曹操收到消息，呂布攻陷山東，曹操依郭嘉之計退兵山東。陶謙再讓徐州，劉備依然拒絕，暫居小沛。曹操大敗呂布，呂布欲投劉備。陶謙病重，三讓徐州與劉備，劉備最終領下徐州。

任務中的佐助遭到了襲擊，而襲擊他的少年竟然有著寫輪眼。收到佐助的訊息后鳴人知道這次事件的嚴重性，他和佐助約定了見面的地點后立即出發，碰巧聽到的佐良娜打算跟過去。佐良娜和悲劇女主綜合癥發作的蝶蝶一起追趕鳴人，在途中她們遭到了攻擊，襲擊她們的正是佐助遇到過的寫輪眼少年。

最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

佐助等人朝著信的巢穴前進，途中他們遭到了眾多克隆體的攻擊，雖是克隆體但鳴人并沒打算下重手，在鳴人壓制克隆體時佐助與佐良娜先行一步援助小櫻。確定信沒有同伙后小櫻展開了攻勢，在和佐助匯合后信被完全壓制，所有的克隆體全部集中到了信的周圍，但他們做的第一件事竟然是殺死了信，在信不知道的情況下克隆體們實施著自己的計劃。

四代水影矢倉曾經用恐懼支配著村子，而神樂是矢倉的孫子，他一直認為自己體內流淌著劊子手的血，為此他放棄了繼承忍刀七人眾的稱號只愿輔佐長十郎，和博人相識改變了這一切。神樂下定決心繼承雙刀鲆鰈，并立志將其用于和平。但干柿尸澄真的出現讓這一切有了變數，他利用神樂的心理陰影推動反叛。