鈴木次郎吉宅邸中的大保險柜——鐵貍是由幕末的機關(guān)師三水吉右門衛(wèi)制造的無法攻陷的最強保險柜。針對鐵貍，怪盜基德拋出了挑戰(zhàn)書，揚言自己將打開那個擊退了無數(shù)盜賊的堅固門扉，然而在鐵貍外，次郎吉還安裝了與重量傳感器聯(lián)動的防盜裝置，任誰想要接近保險柜都極其困難。在預(yù)告作案的當天，中森警官率領(lǐng)警隊進行了嚴密的布防，可是基德的第二封預(yù)告信還是出現(xiàn)在了保險柜前，難道他已潛入宅邸？

小蘭從昏迷中醒來時發(fā)現(xiàn)自己在一個小木屋里，并且身上的傷也被人包扎好了，這時，小五郎他們也找到了這里，服部在隔壁的房間發(fā)現(xiàn)了很多新線索，他把案件從新理順后，將所有人都叫到了村長家，并指認這個用刀刺傷河內(nèi)深里的人就是他身旁的工藤新一，沒想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主動承認自己的罪行，就在這時，死羅神出現(xiàn)。

妃英理找到企圖辭職的九條檢察官，并告訴她竹內(nèi)的死并非自殺而是經(jīng)過策劃的謀殺案件，得知此事九條檢察官決定和妃英理一起在法庭上將真相公之于眾。審判過程中，小五郎以辯方的特別證人出現(xiàn)，他不但說明了竹內(nèi)夫婦早已名存實亡的婚姻，還將五年前竹內(nèi)違法建筑案的內(nèi)幕也說了出來，然而最關(guān)鍵的竹內(nèi)死亡之謎還是由柯南道出真相！

根據(jù)這個如此漏洞百出的犯案現(xiàn)場，柯南推斷前來拿走照片的人并不是黑暗組織，為查明真相，柯南讓店長分別給三個有備份鑰匙的人打電話詢問他們的行蹤，卻并未發(fā)現(xiàn)有何異樣，然而，一切都逃不過柯南敏銳的眼睛，他將凳子上汗?jié)n與這三個人是身形相聯(lián)系，斷定拿走照片的人就在他們之中并且這個人現(xiàn)在就在房間里。

當晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。