得知小蘭要去約會(huì)，柯南死纏爛打的跟著一起去了咖啡店，為哄柯南回家，小蘭外出給他買蛋糕。小蘭離開后，咖啡店里依次來了幾位客人，有兇巴巴的女人、花花公子、美女律師、大學(xué)生和大塊頭男士，正在柯南猜測(cè)哪位是小蘭的約會(huì)對(duì)象時(shí)，廁所傳來慘叫，原來是兇巴巴的女人在廁所被人殺掉，但在柯南和美女律師的推斷下，兇手浮出水面，之后柯南才知道小蘭的約會(huì)對(duì)象居然是……

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無(wú)所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰(shuí)？

柯南離開時(shí)雖交代元太他們把追蹤眼鏡交給警方，但想要立功的偵探團(tuán)卻私自行動(dòng)，并利用眼鏡找到柯南的位置，正要打電話報(bào)警的時(shí)候被歹徒發(fā)現(xiàn)。眼看就能將TWO-MIX解救，柯南卻因元太等人的綁架，再度落入敵人手中，他戳穿歹徒想要練習(xí)帶的目的后，歹徒惱羞成怒點(diǎn)燃屋內(nèi)的汽油，柯南等人能否成功逃脫？

小五郎骨折住院，某天夜晚他看到對(duì)面的房間有殺人的黑影，匆忙趕去后，卻發(fā)現(xiàn)屋里什么都沒有，接下來的幾天，發(fā)生了同樣的事情，主治醫(yī)師白井說可能是因?yàn)槠诙a(chǎn)生的幻覺，但柯南卻認(rèn)為事件沒那么簡(jiǎn)單，他陪夜的當(dāng)晚也看到了殺人場(chǎng)景，兩人一起跑出去，當(dāng)他趕到小五郎身邊時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)小五郎已昏倒，旁邊還躺著已經(jīng)死去的江藤醫(yī)生，小五郎就這樣糊里糊涂的成了「殺人兇手」……

柯南要陪步美拔牙時(shí)，被葉子醫(yī)生婉拒。而當(dāng)晚七點(diǎn)半不動(dòng)產(chǎn)老板中本被殺，發(fā)現(xiàn)尸體的人就是葉子和管理員，雖然葉子有殺人的動(dòng)機(jī)，但由于步美的證詞，葉子有不在場(chǎng)的證明，因?yàn)樗菚r(shí)正在陪步美看七點(diǎn)半開始的假面超人。柯南一人在葉子家附近調(diào)查，看到葉子家和診所一樣的窗簾，柯南便知道了葉子的手法，并且那副假面超人的撲克也成了重要的證據(jù)。