在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時(shí)黑暗組織就已經(jīng)展開(kāi)了行動(dòng)，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測(cè)敵人的意圖時(shí)，杯戶(hù)中央醫(yī)院突然涌來(lái)大波病患，這無(wú)疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會(huì)采取什么行動(dòng)？

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開(kāi)了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車(chē)逃跑的過(guò)程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過(guò)其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個(gè)晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來(lái)介入調(diào)查，他們將目標(biāo)鎖定在山下旅館投宿的三位客人當(dāng)中，就在這時(shí)，柯南像是想到了什么，他獨(dú)自一人返回山里并在一棵樹(shù)下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網(wǎng)，然而，讓他沒(méi)想到的是對(duì)方居然帶領(lǐng)了一大波人……

赤井秀一按照約定來(lái)到會(huì)面地點(diǎn)，水無(wú)憐奈也早已等候在那里，她拔槍直接射穿秀一的肺部，之后又按照今恩的指示朝他的頭開(kāi)槍?zhuān)@時(shí)，巡邏警車(chē)趕來(lái)，水無(wú)憐奈在留下一枚炸彈后匆忙離開(kāi)。當(dāng)FBI得知消息后，爆炸的車(chē)內(nèi)只剩下一具燒焦的尸體，在不暴露秀一身份的情況下，茱蒂確認(rèn)了那具尸體確實(shí)是赤井秀一，雖然損失巨大，卻保住了水無(wú)憐奈。

妃英理找到企圖辭職的九條檢察官，并告訴她竹內(nèi)的死并非自殺而是經(jīng)過(guò)策劃的謀殺案件，得知此事九條檢察官?zèng)Q定和妃英理一起在法庭上將真相公之于眾。審判過(guò)程中，小五郎以辯方的特別證人出現(xiàn)，他不但說(shuō)明了竹內(nèi)夫婦早已名存實(shí)亡的婚姻，還將五年前竹內(nèi)違法建筑案的內(nèi)幕也說(shuō)了出來(lái)，然而最關(guān)鍵的竹內(nèi)死亡之謎還是由柯南道出真相！