朱蒂向小蘭和園子坦白了自己FBI的身份，而朱蒂還向小哀提議加入證人保護(hù)計(jì)劃。另一方面從學(xué)校回來的路上步美與柯南他們分手后徑自往家走。突然她和一個(gè)穿雨衣的男人撞在一起并倉皇離去，而這個(gè)人卻是殺人嫌疑犯！在警方的調(diào)查中步美說出手上發(fā)現(xiàn)了一個(gè)類似""5""似的記號，而這個(gè)記號究竟又是什么意思呢？

為了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在東都百貨商店的地下停車場里遇到了殺人事件。被害者是和另三位擁有保時(shí)捷車的朋友打完高爾夫回去途中遇害的。目暮警官對這三個(gè)人進(jìn)行了詢問后發(fā)現(xiàn)三個(gè)人在案發(fā)時(shí)侯都有不在場證明。但是看到三個(gè)人的保時(shí)捷車內(nèi)的照片后的柯南發(fā)現(xiàn)了事情的真相。借助園子，柯南向眾人揭露了事件的真相。而兩名神秘也似乎找到了灰原所在之處？！

柯南去看望同學(xué)片岡純，結(jié)果被人誤認(rèn)為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話要求贖金3千萬圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當(dāng)，乘輕四輪車逃走。但是，在警察的追蹤中，車子突然消失在隧道里！

發(fā)燒的小哀醒過來發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當(dāng)小哀以為教授被黑衣人殺害的時(shí)候發(fā)現(xiàn)只是誤會。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認(rèn)為他可能多少知道一點(diǎn)黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來拜訪過，正當(dāng)柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時(shí)出島卻意外死亡！

柯南在新出醫(yī)院遇到的老先生說了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來到了這棟有鬼出沒的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現(xiàn)過一具女性的焦尸，這些傳聞聽著就叫人毛骨悚然。當(dāng)晚，大家在老先生的房中等鬼出現(xiàn)時(shí)，卻不知不覺都睡著了，恍惚中，電視自己打開并出現(xiàn)了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現(xiàn)了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？