九十九七惠通過(guò)妃英理的介紹來(lái)到毛利偵探事務(wù)所，她拜托小五郎幫她重新調(diào)查丈夫著名魔術(shù)師九十九元康的死因，一行人來(lái)到九十九家中，見(jiàn)到了元康的三個(gè)學(xué)生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡(jiǎn)單的照面之后，他們來(lái)到元康的死亡現(xiàn)場(chǎng)——地下室，柯南仔細(xì)進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)勘查，發(fā)現(xiàn)了電話上一串奇怪的數(shù)字，期間，小蘭對(duì)柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無(wú)意識(shí)。

在某頒獎(jiǎng)典禮上，攝影師柳瀨因抓拍到火災(zāi)現(xiàn)場(chǎng)而獲獎(jiǎng)，但記者中井突然說(shuō)了一些莫名其妙的話，還往柳瀨身上撒了石灰粉。之后，中井給事務(wù)所打來(lái)電話，說(shuō)自己將要被殺但話還沒(méi)說(shuō)完就被迫中斷，柯南匆忙趕到時(shí)，中井的家中已經(jīng)失火，巧合的是，柳瀨就在對(duì)面拍照片，柯南知道這是有人蓄意為之，他請(qǐng)阿笠博士幫忙找到證據(jù)后，在節(jié)目的錄制現(xiàn)場(chǎng)借小五郎之口揭露真相。

服部把武田家的人和羅伯叫到發(fā)生兇案現(xiàn)場(chǎng)的二樓倉(cāng)庫(kù)，柯南將小五郎麻醉，在黑暗之中道出兇手所使用的手法，當(dāng)被問(wèn)及兇手是如何在這個(gè)形如密室中的倉(cāng)庫(kù)作案時(shí)，柯南的回答卻是兇手根本沒(méi)有出現(xiàn)在兇案現(xiàn)場(chǎng)，那么兇手到底如何作案？信一為何會(huì)虐待自己的女兒美紗？美紗自殺的真正原因到底什么？是怎么樣的誤會(huì)導(dǎo)致武田家頻頻出現(xiàn)慘案？

馬上趕到增尾家的眾人發(fā)現(xiàn)增尾的妻子已經(jīng)被殺害了。看似是強(qiáng)盜殺人的事件中柯南卻從中發(fā)現(xiàn)了疑點(diǎn)，經(jīng)過(guò)推理最終發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法在。在柯南的提醒下高木警官揭露了犯人的騙局。另一方面佐藤警官拒絕了白鳥警部的邀請(qǐng)轉(zhuǎn)而邀請(qǐng)高木警官一同吃飯就在這時(shí)出現(xiàn)的暮目警官卻讓高木產(chǎn)生了誤會(huì)。

柯南在死者村西真美家發(fā)現(xiàn)了四處疑點(diǎn)，在少年偵探隊(duì)的提醒和暗示下，高木終于知道了案件的真相，大家找到真兇用證據(jù)讓他承認(rèn)罪行。而另一邊，杯戶美術(shù)館則即將在市民的矚目和阿笠博士的熱帶彩虹炸彈中爆破，可佐藤警官和東田還在美術(shù)館內(nèi)，情況危急，佐藤警官真的會(huì)葬身美術(shù)館嗎？