唐三放心不下父親唐昊，知道他是因為思念死去的妻子三妹才日日借酒澆愁，唐昊借口回來拿那根針，和唐昊依依惜別，唐昊答應以后不再喝酒，對唐三千叮嚀萬囑咐，唐三發誓要做最厲害的魂師，希望學成歸來唐昊能把母親的事全部告訴他。村長帶著唐三很快來到諾丁魂師學苑，自稱大師的玉小剛在門口悠然自得看書，他檢驗了唐三的武魂就放行，學員柳龍卻攔住了唐三，對他冷嘲熱諷一番，逼他拿出推薦信，唐三沒有推薦信，素云濤事先給了他一塊武魂殿的推薦令，讓他直接來學苑當附課生，而且學費和食宿全免，柳龍對唐三出言不遜，要把村長趕走。蕭塵宇及時趕來為唐三解圍，他是諾丁城城主的兒子，是唐三的同門，熱情歡迎他入學，還幫他安排好宿舍，村長才放心離開了。蕭塵宇聽說唐三是武魂殿推薦的，斷定他的武魂是很特別的，唐三承認是藍銀草，柳龍對這個廢武魂嗤之以鼻，唐三自詡天生滿武魂，蕭塵宇和柳龍立刻驚呆了，斗羅大陸上很少有人擁有天生滿武魂。玉小剛立刻追上唐三，根據他的研究推測唐三應該不止一個武魂，所以他苦苦追問唐三的另一個武魂，唐三想起父親的囑托，他找各種借口掩飾，玉小剛知道他在說謊，也沒有多問，就帶他去辦入學禮，還簡單介紹了學苑的情況，玉小剛讓唐三

少年偵探團的理科自由研究作業是拍攝鎮子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點。爭吵過后岳美負氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發現山下的岳美小姐倒在了血泊中。

死者被殺時手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發現場的水龍頭還一直開著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時半會兒找不到兇器。在詢問了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運用了什么手法來作案的呢？

根據友寄夫人的回憶，寫有打開機關盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當眾人齊心協力想要從書中找出紙條時，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機關盒的展廳，卻發現基德早已留下卡片逃之夭夭。

米小圈和姜小牙還有鐵頭去了器材室，本來是想在里邊逛逛，忽然發現桌子上放了一盒炸雞，鮮美的炸雞還冒著熱氣，鐵頭和姜小牙還有米小圈立刻大快朵頤，將炸雞吃得一塊不落的時候，米小圈百無聊賴地翻找器材，忽然看到一個神奇的怪物，嚇得他哇哇大叫，三個人連滾帶爬逃走了。課間十分鐘，姜小牙和米小圈無意中看到李黎將家里的小烏龜偷偷給帶來了，原來外表冷酷冰清玉潔的李黎也有養寵物的嗜好，米小圈竊喜，有了這個把柄今后她再也不能找他們麻煩了。最近班上有同學開始追星，李黎也不例外，米小圈有一次偷偷看到李黎親手寫的一封信，原來李黎的偶像是歐陽樂樂，這個手腳并彈的音樂奇才，不僅有才，人長得又帥，老師是不允許追星的，米小圈覺得自己又抓到了李黎另一個把柄。李黎發現米小圈像小狗一般總是圍著她轉，這可不是好現象，她很快買通了鐵頭，鐵頭智商根本不在線，將米小圈私下看李黎信箋的事情又給暴露了。看來要給米小圈點厲害了，就知道米小圈膽子小，李黎特意邀請他去欣賞奪命小木屋。來到奇妙小屋，李黎和米小圈都支支吾吾不敢進去，為此他們吃巨無霸熱狗，巨無霸爆米花，最終還是被一群人的衣服給帶入奇妙小屋。這奇妙小屋中不僅有驚悚的音樂，還有一些稀奇古怪