小蘭和柯南潛水的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)了一名女子的尸體，鎮(zhèn)上的驗(yàn)尸醫(yī)生田中認(rèn)為這是一起自殺事件，但被害人的朋友卻口口聲聲說(shuō)一定是田中殺的，原來(lái)田中為和院長(zhǎng)女兒訂婚而拋棄了死者，雖然田中的嫌疑最大，但是他卻有不在場(chǎng)證明，小五郎干著急沒辦法，而柯南則從撿垃圾的爺爺那里找到了一個(gè)破洞的游泳圈，并用空瓶子做了個(gè)簡(jiǎn)單試驗(yàn)，犯人的手法他已完全明白。

服部和女友和葉受人委托前往鳥取縣傀儡嶺的武田家，但卻在途中迷路，還遇到了一位叫羅伯泰勒的外國(guó)人，這時(shí)，同樣受到武田家的邀請(qǐng)，為他們解開傀儡嶺蜘蛛之家謎團(tuán)的柯南等人剛好從旁邊經(jīng)過，在他們到達(dá)的當(dāng)天晚上，武田家的長(zhǎng)子信一在木偶倉(cāng)庫(kù)的二樓吊死，接著和葉的身后出現(xiàn)了可疑的人影。

和葉被人帶走不知去向，與此同時(shí)，柯南、服部和小五郎三人正對(duì)信一的死亡現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，期間，女傭鹽谷給他們送來(lái)宵并講述了三年前所發(fā)生的事情。當(dāng)?shù)弥腿~被人擄走消息后，大家分頭尋找，最終在倉(cāng)庫(kù)里找到了纏滿細(xì)線的和葉，所幸生命沒有受到威脅。之后，柯南和服部又發(fā)現(xiàn)了襲擊和葉用的電擊棒和BB彈，再次返回案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)又找了新的線索，兇手就是那個(gè)人沒錯(cuò)！

柯南的班級(jí)轉(zhuǎn)來(lái)了一個(gè)叫灰原哀的女生，而同一天少年偵探隊(duì)也收到了同校俊野幫忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)了一張夏目漱石的肖像畫，俊野說(shuō)曾有一個(gè)黑衣女人很賞識(shí)這幅畫，聽到這些，柯南馬上聯(lián)想到了黑衣組織，便急忙帶領(lǐng)偵探隊(duì)走街串巷的尋找線索，期間，在便利店遇到的一個(gè)使用假錢的男子引起他的注意，于是，一路尾隨，推理出了這名男子的去向。

柯南等人來(lái)到一所蓋有五重塔的鄉(xiāng)間寺廟，因?yàn)檫@里要開發(fā)觀光而導(dǎo)致寺方和觀光公司產(chǎn)生了爭(zhēng)執(zhí)，次日，觀光公司的社長(zhǎng)小田英明被人發(fā)現(xiàn)尸體吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的傳說(shuō)一樣，凡是破壞寺廟戒律，都會(huì)嘗到惡果。在對(duì)尸體及其周圍調(diào)查后，柯南找到了真正的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)。