少年偵探團(tuán)對(duì)于賈斯丁的事件還是非常在意，偷偷溜出來(lái)的他們和柯南一起展開(kāi)了調(diào)查，聰明的賈斯丁并沒(méi)有坐以待斃，顯眼的他四處留下關(guān)于自己的信息，而柯南根據(jù)這些信息終于找到了他。犯人終于被捕，但事件卻還沒(méi)有結(jié)束，熊紋公司的社員井上先生有著太多的疑點(diǎn)，柯南能感覺(jué)到這件事情還不止這么簡(jiǎn)單。

少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買(mǎi)的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱(chēng)所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

毛利收到的信件上寫(xiě)著有人要?dú)⒑γ佬g(shù)館館長(zhǎng)的內(nèi)容，前去拜訪的柯南等人目睹了好幾次差點(diǎn)讓館長(zhǎng)喪命的危機(jī)。而今天前來(lái)拜訪的赤座先生已經(jīng)被殺害，懷疑壬生小姐行跡可疑的柯南和小蘭正準(zhǔn)備親自聯(lián)絡(luò)警方的時(shí)候卻遭到了襲擊，美術(shù)館里的三個(gè)員工是共犯，而館長(zhǎng)現(xiàn)在將要面臨危險(xiǎn)。

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因?yàn)樾√m不在家，柯南和小五郎決定去杯戶(hù)町的一家拉面館吃飯，雖然這家飯館標(biāo)榜的是美味的要死的拉面，但店面卻相當(dāng)破舊，隨后，想要在這條商業(yè)街炒地皮的奸商西津也來(lái)到這里并與老板小倉(cāng)、店員彩代以及隔壁理發(fā)店長(zhǎng)谷中發(fā)生了激烈爭(zhēng)吵，使這里的氣氛變得一團(tuán)糟，唯一值得安慰的是端出的拉面果真是絕頂美味，然而，西津卻在吃完拉面后倒地身亡，是意外還是謀殺？