本堂瑛佑再次造訪毛利事務所，就在大家聚在一起討論許久未露面的歌手板垣時，來了一對父子，孩子說他曾在一座大橋上目擊到頭發像鋸子一般的板垣的尸體，還看到處理尸體的人身上有釘子紋身并且在他們的周圍還有錘子形狀的物體，小五郎認為這不過是小孩子撒謊的把戲，然而本堂通過摸他脖子上的脈搏判斷真假，這一幕讓柯南想起的水無，不禁開始懷疑本堂。之后，為了找尋更多線索，大家決定尋找這個小目擊者所說的大橋。

柯南認為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調查，與此同時，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺到了蛛絲馬跡，當他趕到與浦生良造初次見面的餐館時碰巧遇見了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關鍵性的證據被暗中襲來的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰，面對真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？

柯南和小蘭來到妃英理的事務所，期間，女子柔道冠軍有沢悠子前來拜訪，為了商量讓她丈夫困擾的跟蹤狂事件，一行人準備前往有沢家調查，不想出發前，她的丈夫說自己正在參加朋友的守靈可能會晚點回去，于是大家決定吃完晚飯再去會面，沒想到當柯南他們如約到達時，有沢的丈夫已經陳尸家中，柯南和妃英理都察覺到有沢悠子很可疑，可是她卻有不在場證明。

根據紙飛機上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機的人想傳達的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機發到新一的手機上，將這三個帶有暗號的紙飛機串聯在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日報道的代田社長以及他所在的地點，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進了綁匪的據點。

當晚，這名潛入醫院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發展到這種地步，轉院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機潛入了水無憐奈的病房，并發現她早已從昏迷中蘇醒。