柯南等人通過電訊公司查到了三個可疑人士，之后，他們又分別向當時不明人打電話的出處進行確認，最終將目標鎖定在一家以推理家命名的店，店主說當時打電話的是一個帶著墨鏡常來光顧的客人，于是，柯南等人迅速趕往此處，正巧遇到了這名客人，就在小五郎要上前詢問時，柯南將他麻醉，把事情的來龍去脈說的一清二楚，并利用小孩子的身份，從墨鏡男口中騙取了這個手機的號碼，警方順藤摸瓜，找到了手機主人的住處，還發現了有關賄賂的賬簿。

雖然他們四人都有不在場的證明，但警方和小五郎仍然對他們保持懷疑態度，并前去他們當時所在的唐戶市場、唐戶棧橋和海響館逐一進行確認，就在小五郎自認為推理出整個案件時，野島榮子卻跑去警局自首，她將自己殺人的過程和動機一五一十的坦白，隨后她的三位朋友趕到，為了友情他們又曾有何行動？真正殺死真尾的人真的是野島榮子嗎？

被誤認為同學片岡純而遭到綁架的柯南成功的從廢棄建筑的地下室逃脫回來。在不斷的觀看錄像帶之后高木警官發現了車輛忽然消失的手法。很快綁架犯吉澤正發現被絞死在停在停車場的輕型四輪車中，在搜尋同伙的時候江崎幸子成為了重要嫌疑人。而在柯南的推理下真正的綁架同伙浮出水面。在佐藤和高木警官的協助下犯人終于被捕。

古裝劇小說家月形龍太郎的弟子久坂雄一絞死的尸體在公園被發現。以前接受過月形的取材采訪的毛利小五郎懷疑跟久坂爭奪弟子之位的猿橋勝。但是很快猿橋的不在場證明就得以證實。在柯南拼命思考的時候，月形的著作上“逆轉接著逆轉”的文字跳入眼簾。這時終于注意到不在場證明的柯南將有關者聚集起來解明真相。

妃英理律師與號稱美女檢察官的九條對簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發現，當他們扭打的時候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認為被告是蓄意謀殺，甚至想以強盜殺人的罪名讓被告入罪，面對咄咄逼人的檢察官，妃英理勢必會陷入一場硬戰。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發現場重新調查，他們竟然在這里發現了一條關鍵線索。