小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂?shù)臅r(shí)候，發(fā)現(xiàn)了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因?yàn)槟_底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺到了其中的蹊蹺，警察找來屋頂菜園的其他三名種植者進(jìn)行偵訊，每個(gè)人都沒有不在場(chǎng)的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當(dāng)大伙兒再次來到菜園進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了一塊奇怪的磚頭，而這無疑是找出兇手的關(guān)鍵線索。

為了消除基德偽裝成他人的可能，少年偵探團(tuán)分別承擔(dān)起了看守四個(gè)臺(tái)座的重任，就在這時(shí)，屋內(nèi)突然停電，只能聽見電流嗞嗞的聲音以及窗外吹進(jìn)的風(fēng)的呼呼聲，屋內(nèi)很快恢復(fù)了光亮，但大家發(fā)現(xiàn)在這短短的一分鐘內(nèi)，基德不動(dòng)聲響的將柯南電暈打開中間的立柱盜走了麒麟角，灰原發(fā)現(xiàn)這四個(gè)臺(tái)座分別代表了四神獸，這或許與三水吉右衛(wèi)門刻在柱子上的話相關(guān)，在沒有柯南的幫助下，少年偵探團(tuán)能否找到被盜的麒麟角？

這天是米花大學(xué)的校慶，小五郎作為畢業(yè)嘉賓帶著柯南，小蘭和園子前來參加。這是米花大學(xué)學(xué)生辻榮尊座邀請(qǐng)小蘭來幫忙看看僵尸表演是否到位。之后柯南，小蘭和園子在尊座和貴士的帶領(lǐng)下參觀了他們?cè)O(shè)計(jì)的絕叫病棟，就在被他們精湛的設(shè)計(jì)和表演嚇到的同時(shí)發(fā)現(xiàn)成員之一安菜沒有按計(jì)劃起身嚇人，走進(jìn)之后發(fā)現(xiàn)安菜已經(jīng)中毒身亡！隨著調(diào)查的深入，一個(gè)月之前橋口中毒身亡的事情也逐漸浮出水面。

小五郎曾抓捕過的殺人犯富樫文孝，在假釋的第二天再次因?yàn)闅⑷吮蛔ミM(jìn)了警局，小五郎深信決定重現(xiàn)做人的他不會(huì)再做出這種殺人的事情，便在偵訊室里勸導(dǎo)他說出真相，可是富樫卻一直保持沉默。另一方面，柯南和高木警官再次來到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，根據(jù)目擊者的證詞以及附近便利店的監(jiān)視影像，柯南發(fā)現(xiàn)事情的真相并非那么簡(jiǎn)單，因?yàn)榘赴l(fā)現(xiàn)場(chǎng)除了富樫還有另外一個(gè)人。

這天小五郎在賽馬之后來到小酒館巧遇了同樣賽馬的幾位同好。在屋外抽煙的小五郎遇到了來找他的小蘭和柯南，就在眾人回到小酒館時(shí)忽然發(fā)現(xiàn)酒館老板娘被刺身亡！在警方調(diào)查了酒館的幾位客人之時(shí)發(fā)現(xiàn)扇小姐為了挽救自己的舞蹈班向老板娘借錢的事實(shí)，而其他幾位客人也多少有把柄被老板娘抓住。柯南在勘察現(xiàn)場(chǎng)后發(fā)現(xiàn)了犯人的身份！