比賽中的米奈芭的狀態(tài)不佳，柯南發(fā)現(xiàn)她丟在地上的護(hù)腕從而發(fā)現(xiàn)犯人利用護(hù)腕告訴米奈芭自己已經(jīng)鎖定她的事情。柯南用阿波羅的票進(jìn)入會(huì)場(chǎng)尋找犯人，但面對(duì)易容高手的罪犯，柯南縝密的分析了米奈芭的擊球之后發(fā)現(xiàn)了犯人的真正目標(biāo)不是米奈芭而是她的母親！而阿波羅則告訴了柯南米奈芭如何每次在球場(chǎng)上準(zhǔn)確找到母親的方法。

解決了暗號(hào)事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進(jìn)入即將拆遷的大樓內(nèi)來(lái)玩捉迷藏。就在這時(shí)元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們?cè)谒褜さ倪^(guò)程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個(gè)工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團(tuán)們開(kāi)始尋找被困的人，就在這時(shí)之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！

小五郎受邀來(lái)到Nijimura品牌店，卻正好目擊社長(zhǎng)仁地村被人綁架的畫(huà)面。社長(zhǎng)的妻子兼副社長(zhǎng)沙希，按照綁架犯的要求帶著一億贖金搭電車解救人質(zhì)，就在電車開(kāi)往中戶呂鐵橋的時(shí)候，沙希按照指示將包包從窗戶丟到河里，而此刻正趕上泄洪，包包隨著增加的河水被沖走，待警方在五公里外的河岸發(fā)現(xiàn)時(shí)，贖金已經(jīng)被犯人拿走，而社長(zhǎng)仁地村也被殺害。雖然事情已經(jīng)結(jié)束，但柯南和小五郎卻重返現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，并發(fā)現(xiàn)……

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開(kāi)詢問(wèn)，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對(duì)醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問(wèn)題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來(lái)，沒(méi)過(guò)一會(huì)，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時(shí)，從佐紀(jì)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)找到玻璃球的柯南等人也趕來(lái)宅邸，據(jù)和葉和小蘭回憶她們當(dāng)時(shí)不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動(dòng)，這時(shí)，養(yǎng)子知晃說(shuō)起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進(jìn)行查看，沒(méi)想到魔犬再次出現(xiàn)。