因?yàn)榭履喜聦α撕ｋ嗦眯袌F(tuán)所出的謎題，于是，為三人贏得了一次免費(fèi)乘坐交響樂號去小笠原的機(jī)會，能登上這艘船的只有十名乘客，在登記途中，小五郎碰見了老警察鮫崎，但聽乘務(wù)員說這艘船上還有第三名偵探，小蘭和柯南也無意中發(fā)現(xiàn)了這次活動的組織古川，夜晚，大家聚在一起討論此次前來的乘客，當(dāng)聽到葉才三這個(gè)名字時(shí)，每個(gè)人都面露驚訝之色。

次日，暮目警官來到石本的公司詢問案件，石本說出了自己曾被平岡威脅的事，本以為案子就以認(rèn)定平岡為兇手了結(jié)的時(shí)候，躲在社長室的柯南發(fā)現(xiàn)曾與幸子見面的男子從屋子里拿走了一個(gè)遙控器，而這名可疑男子其實(shí)是幸子的男朋友柴田健一。小五郎讓所有案件相關(guān)人員來到派對現(xiàn)場并說柴田就是兇手，可由于他的錯(cuò)誤判斷，柯南只好再次將他麻痹以找出真兇。

園子和小蘭購物結(jié)束坐公交的時(shí)候，有一位自稱是設(shè)樂的老人坐在了小蘭旁邊，他說自己認(rèn)識小蘭并打算去趟毛利偵探事務(wù)所，聊著聊著小蘭睡著了，醒來的時(shí)候老人已經(jīng)離去，可是小蘭卻很擔(dān)心老人的安危，執(zhí)意要去公車站找老人，這時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)小蘭的包里多了一張磁片，這張機(jī)密磁片的內(nèi)容到底是什么？老人又到底去了哪里？

小蘭為了讓她父母親之間的感情有機(jī)會復(fù)合，便策劃了一場海灘之旅，大家在這里認(rèn)識了幾名大學(xué)生，但其中一個(gè)叫貴和子的女生在潛水的時(shí)候被海蛇咬到而有生命危險(xiǎn)，之后，小蘭回想起自己看到的海蛇身上有兩個(gè)小翅膀一樣的東西，然而這個(gè)看似意外的事件，其實(shí)是有人蓄意操作。

在插花藝術(shù)家岡野利香的個(gè)人紀(jì)念發(fā)表會上，酒店的經(jīng)理白木突然離奇死亡，柯南注意到白木胸前的花，在偷偷潛入岡野利香的房間后，成功找到氟化氯和氫酸硅化物，看來兇手還要繼續(xù)殺人，當(dāng)柯南看到舞臺岡野利香用以表演的花朵時(shí)，便急忙阻止它們綻放，因?yàn)榘啄舅劳龅拿孛芫筒卦谶@些花朵之中。