簱本家族的人聚在餐廳斷定兇手就是小武 ，就在長(zhǎng)女麻理子擔(dān)心去廁所遲遲未歸的兒子一郎時(shí)，游輪突然停電，隨之而來(lái)的是一郎的慘叫，在黑暗中他被兇手刺傷了腿，小五郎在電源室發(fā)現(xiàn)這是有人蓄意的斷電，他立刻命所有人留在餐廳，自己和柯南，小蘭尋找線索，迷霧漸漸撥開(kāi)，兇手真的是突然消失的小武嗎？

這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來(lái)到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場(chǎng)由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說(shuō)出了電影要在今年終結(jié)的事實(shí)。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來(lái)松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場(chǎng)時(shí)看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場(chǎng)！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無(wú)頭緒的現(xiàn)場(chǎng)在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

茶木警官讓所有賓客互相做暗號(hào)，防止基德混入其中，這時(shí)，船內(nèi)突然暗了下來(lái)，光束中基德出現(xiàn)，鈴木夫人毫不猶豫開(kāi)槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她請(qǐng)來(lái)的真田魔術(shù)師，小蘭在紙牌魔術(shù)中抽到了基德的留言，而這時(shí)一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們?cè)陝?dòng)不安，戴在鈴木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉著小蘭來(lái)到機(jī)房說(shuō)他已知道誰(shuí)是基德……

清潔公司的董事藤井被樓上掉下的重物砸死，警察在尸體旁邊發(fā)現(xiàn)了一個(gè)沒(méi)有指紋的口風(fēng)琴，柯南認(rèn)為這并不是簡(jiǎn)單的意外事件而是謀殺，警察去清潔公司社長(zhǎng)中山的辦公室進(jìn)行調(diào)查時(shí)，這里的監(jiān)視器引起了柯南的興趣，在對(duì)監(jiān)視器進(jìn)行了簡(jiǎn)單的操作后和攝影內(nèi)容簡(jiǎn)單回查后，兇手浮出水面。

少年偵探團(tuán)到商場(chǎng)看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場(chǎng)里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰(shuí)知外表看似寂靜的百貨公司實(shí)際上卻一點(diǎn)也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強(qiáng)盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強(qiáng)盜集團(tuán)的少年偵探團(tuán)正陷入極度的危險(xiǎn)之中！最終少年偵探團(tuán)的孩子們成功的化解了百貨公司的危機(jī)。