柯南從無人機(jī)上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時(shí)候佐藤警官打來電話，她稱發(fā)現(xiàn)了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協(xié)力制服了犯人，但手提包內(nèi)的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術(shù)館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰在搞鬼？

根據(jù)友寄夫人的回憶，寫有打開機(jī)關(guān)盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當(dāng)眾人齊心協(xié)力想要從書中找出紙條時(shí)，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機(jī)關(guān)盒的展廳，卻發(fā)現(xiàn)基德早已留下卡片逃之夭夭。

柯南確信被警察盯上的千野并不是真正的犯人，而尸體的第一發(fā)現(xiàn)者福田先生和催促番藤與天城協(xié)商的江崎小姐都有殺人的機(jī)會(huì)，但在調(diào)查中柯南并沒有得到這方面的線索。案件的條理逐漸明確，犯人殺死天城和番藤的目的是為了陷害千野，想起千野偶爾擔(dān)任推理小說新人獎(jiǎng)的審查后另一條線索出現(xiàn)了。

柯南在靈車中發(fā)現(xiàn)了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團(tuán)趕到會(huì)場后才發(fā)現(xiàn)葬禮已經(jīng)結(jié)束，而靈車正開往火葬場。情況十萬火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場，而棺材內(nèi)卻并沒有找到柯南，在大家束手無策時(shí)又傳來了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報(bào)廢場，在不知道靈車內(nèi)有人的情況下柯南的處境十分危險(xiǎn)。

一直被大家遺忘在家中的狗引起了柯南與平次的注意，二人很快就洞察了這一系列殺人事件的作案手段。平次委托村長告訴眾人他已經(jīng)得知了鵺的真面目，并在庭院內(nèi)為眾人重新演示了一遍案發(fā)當(dāng)日的情形。在二人的推理下真相終于浮出水面，兇手成功被警方抓獲。當(dāng)案件塵埃落定后，平次終于鼓起勇氣準(zhǔn)備向和葉告白……