在趕來支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨自駕駛摩托的水無包圍，然而，馬路上卻出現了一個撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無出車禍受傷。另一邊，今恩在水無換下的衣物里發現了粘在鞋底的發信器和竊聽器，便臨時決定變更目標向米花鎮駛去，柯南察覺到他們的行動，意識到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮，而此時黑衣組織已經瞄準了小五郎……

阿笠博士和小蘭帶少年偵探隊去露營的時候，正巧碰到了一對因帳篷而發生口角的情侶，他們離開之后，柯南等人占領了他們原先準備搭建帳篷的樹蔭，不料這時，正在帳篷里熟睡的小蘭被不明人士綁走，之后，警方在一個懸崖下發現了歹徒的車子，根據歹徒遺留下來的手機，小蘭很有可能在15點之前被人殺害，到底是誰綁架了小蘭？柯南他們能否在15點之前找到小蘭呢？

茱蒂用槍破壞了附近的灑水器，隨意噴灑的水讓所有人都以為下起了雨，大家紛紛拿傘遮雨，這無疑讓躲在樓頂的狙擊手無法射擊，此次計劃也只好暫時取消。之后，柯南讓阿笠博士和灰原先離開并讓他們保護好小蘭和小五郎，他和茱蒂坐上了詹姆斯的車繼續進行追蹤，并得知今恩他們將在VaneB進行暗殺，柯南推斷Vane B就是鳥矢大橋。

按照慣例，家里如果有人死去就要演奏安魂曲，于是，羽賀開始了他的演奏，就在大家沉浸于琴聲之中時，蓮希的奶奶突然從樓上墜落，警方在案發的房間里發現了被摔壞的仿品斯托拉地巴力毆斯以及窗邊的椅子，于是認為，蓮希奶奶很有可能是自殺，但是一夜之間發生兩起命案，并且死者都是在密室中死亡，難道是小提琴的詛咒再次應驗？

某天，一個自稱杉森政人的作家找到小林老師，說想要采訪少年偵探團，得知這個消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領下來到了杉森家，卻發現他的頭部遭人重擊，已死于家中，警方經過調查將嫌疑人士鎖定于在答錄機中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。