死羅神和服部一唱一和，兩人一起揭穿了假新一的身份并且還將當(dāng)年村長(zhǎng)及其妻子遇害一案再次向大家說明，而這個(gè)死羅神自然也就是工藤新一本人。案件結(jié)束后，新一的身體再次發(fā)生變化，幸虧灰原的及時(shí)趕到，新一才保住了秘密不被發(fā)現(xiàn)，在驅(qū)車回家的途中，一輛車很危險(xiǎn)的在馬路上行駛，當(dāng)大家努力將其攔下后卻發(fā)現(xiàn)開車的人已被人勒死。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

小蘭從昏迷中醒來時(shí)發(fā)現(xiàn)自己在一個(gè)小木屋里，并且身上的傷也被人包扎好了，這時(shí)，小五郎他們也找到了這里，服部在隔壁的房間發(fā)現(xiàn)了很多新線索，他把案件從新理順后，將所有人都叫到了村長(zhǎng)家，并指認(rèn)這個(gè)用刀刺傷河內(nèi)深里的人就是他身旁的工藤新一，沒想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主動(dòng)承認(rèn)自己的罪行，就在這時(shí)，死羅神出現(xiàn)。

根據(jù)紙飛機(jī)上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時(shí)間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機(jī)的人想傳達(dá)的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機(jī)發(fā)到新一的手機(jī)上，將這三個(gè)帶有暗號(hào)的紙飛機(jī)串聯(lián)在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日?qǐng)?bào)道的代田社長(zhǎng)以及他所在的地點(diǎn)，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進(jìn)了綁匪的據(jù)點(diǎn)。

警方仍然將嫌疑犯關(guān)在一起進(jìn)行偵訊，期間秘書和英文補(bǔ)習(xí)班的老師暫時(shí)離開，就在他們離開后，柯南掌握到了關(guān)鍵線索，他讓木暮警官準(zhǔn)備四把椅子并對(duì)他們說一句“咒語”，到時(shí)候，兇手自然會(huì)露出馬腳，到底是什么樣的“咒語”？?jī)词钟质沁@四名嫌疑人中的哪一個(gè)？與此同時(shí)，明知會(huì)有危險(xiǎn)的赤井秀一還是按照水無憐奈所發(fā)的地址前去赴約。