柯南在和大家一起吃壽司的時(shí)候?qū)⑿∥謇陕樽恚?dāng)面戳穿了前來領(lǐng)獎(jiǎng)的兩名冒牌貨，幫胡桃找到了記憶中的少年。雖然這件事情成功解決，但是十五年前的連續(xù)殺人案卻依舊找不到眉目，案件將在三天后失效，可目前追查兇手的線索卻只有有兩條。在柯南一行人去步美家玩的時(shí)候，灰原說自己在這棟公寓里遇見了一個(gè)穿著大衣吹著口哨的男人，難道十五年前的殺人兇手出現(xiàn)了？

在屋內(nèi)調(diào)查的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)了多處疑點(diǎn)，干凈的浴室、沒有插電的刮胡刀、消失的牙刷以及洗衣機(jī)內(nèi)的衣服，就在他苦思冥想到底誰是兇手時(shí)，園子無意中的一句話提醒了他，原來榔頭男從一開始就不存在，這不過是都市傳而已，就在目暮警官等人一頭霧水時(shí)，柯南將園子麻醉，利用變聲領(lǐng)結(jié)道出了真相。

小五郎，蘭，柯南一行人受到虎田直信的委托，負(fù)責(zé)調(diào)查他的兒子義郎離奇死亡的案件，與此同時(shí)，服部在虎田的死對頭龍尾家調(diào)查他兒子康司的死亡，與義郎相同，康司的尸體旁也擺放了一只死蜈蚣。當(dāng)晚，和葉和小蘭看到了身著鎧甲的戰(zhàn)敗武士的影子，得知此事后，龍尾家的綾華神大驚失色跑了出去，而發(fā)現(xiàn)她的時(shí)候，她已經(jīng)被吊死在一顆樹上，腳下同樣出現(xiàn)了一只死蜈蚣。

根據(jù)紙飛機(jī)上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時(shí)間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機(jī)的人想傳達(dá)的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機(jī)發(fā)到新一的手機(jī)上，將這三個(gè)帶有暗號的紙飛機(jī)串聯(lián)在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日報(bào)道的代田社長以及他所在的地點(diǎn)，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進(jìn)了綁匪的據(jù)點(diǎn)。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報(bào)人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個(gè)人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽水無憐奈的事情。