小五郎受到一個名叫立李三可的委托，帶著柯南和小蘭一起來到群馬縣調查真相，途中他們遇見了德備六朗和荒巖，并從他們口中得知了11年前有一個名叫辰彥的孩子在旅館附近的河中溺斃而亡的事件，這與信中所提及的殺人案有何聯系？辰彥父親同時也是約見地點光羅旅館的老板沼山伴藏也讓人覺得很怪異，次日清晨，滿身都是刺鼻氣味液體的伴藏死在了旅館的頂樓房間，難道是小蘭昨晚在河邊看到的河童下的毒手嗎？

柯南和服部等人得知了犬伏家兄妹幾人改名的事情，而在和葉子和小蘭的閑聊中服部和柯南領悟到了魔犬的秘密正在這時裟臣婆婆卻突然倒下。而在小蘭和葉子的提示下小五郎推理出幸姬變是此次事件的犯人。而當眾人來到小屋里尋找幸姬的時候，魔犬卻突然出現！但當魔犬撲過來時眾人發現魔犬其實只是小狗，而服部和柯南也揭露了犯人的真面目。

解決了暗號事件回到日本的柯南終于恢復了正常的生活，在放學回家的路上元太提議大家進入即將拆遷的大樓內來玩捉迷藏。就在這時元太發現有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發現這是有人發出的求救聲音，就在他們在搜尋的過程中發現了在檢查大樓的兩個工人。兩人告訴柯南他們那是他們發出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團們開始尋找被困的人，就在這時之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應該這應該辦！

就在光彥撥通報警電話之時，檢查的工人以小哀作為威脅，沒有辦法下光彥掛斷了求救電話。犯人們商議著要放棄贖金處理掉一切，少年偵探團的各位陷入了危機，就在這時步美注意到柯南發出的信號，按照指示給依次給步美，柯南，元太和阿笠博士的手機打電話來分散犯人的注意力，但因為聲音太大反而引發了犯人的注意。而此時犯人也發現了孩子們的計謀開始尋找光彥他們，柯南利用麻醉槍也終于制符了犯人們。

傳說中駕駛白色FD橫掃冬名山的銀白魔女，引起了小五郎調查的興趣，于是，他帶著柯南和小蘭向冬名山進發，濃霧彌漫的山中魔女的FD果然出現了，小五郎拼命追趕，而魔女卻消失在沒有路的云霧之中，他立刻與正在盤查的山村警官聯系并攔下了所有的白色FD，有三組車手接受了盤查，銀白魔女是否就在他們之中？