一家房地產(chǎn)公司的黑心社長東先生和他的助手河西找到了毛利小五郎，他們稱自己接到了殺人預(yù)告電話，而對方的目標(biāo)就是東先生。嫌疑人有三個(gè)，小五郎和柯南一一找他們確認(rèn)過，調(diào)查過程中柯南察覺到了一絲異常。三個(gè)嫌疑人被叫到了一起，柯南麻醉了小五郎后展開了推理，但就在結(jié)果出來后眾人卻都露出了詭異的笑容。

柯南在靈車中發(fā)現(xiàn)了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團(tuán)趕到會(huì)場后才發(fā)現(xiàn)葬禮已經(jīng)結(jié)束，而靈車正開往火葬場。情況十萬火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場，而棺材內(nèi)卻并沒有找到柯南，在大家束手無策時(shí)又傳來了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報(bào)廢場，在不知道靈車內(nèi)有人的情況下柯南的處境十分危險(xiǎn)。

毛利小五郎收到了一本未出版的圖畫書，柯南發(fā)現(xiàn)書上的內(nèi)容與近日發(fā)生的爆炸案有關(guān)。目暮警官得知此事后，帶著圖書作者的編輯趕到了現(xiàn)場。根據(jù)編劇所言，圖書作者已因病去世，而引發(fā)爆炸案的嫌疑人正是圖書作者的哥哥。通過書上的線索，柯南和毛利小五郎找到了藏匿在公園的炸彈，并被告知還有其他炸彈存在，柯南能否化險(xiǎn)為夷找出其余的炸彈？

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計(jì)劃在倉庫抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。