這天小五郎和柯南看到警車駛過，便和目暮警官一同趕往殺人現(xiàn)場(chǎng)。原來(lái)是公寓的某屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了小說(shuō)家齊川村子的尸體。死因是頭部被物品打擊致死。發(fā)現(xiàn)尸體的是迷宮出版社的編輯遠(yuǎn)野舜一和公寓管理員村田啟三。遠(yuǎn)野說(shuō)齊川之前收到了恐嚇的明信片。而在警方的調(diào)查下柯南最終發(fā)現(xiàn)了犯人的真面目。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

小五郎載柯南和小蘭去泡溫泉的時(shí)候，目暮警官突然打來(lái)電話，說(shuō)他們租來(lái)的這輛車子上被人安裝的炸彈而且時(shí)速必須保持在20公里以上，否則就會(huì)引起爆炸，面對(duì)這種突發(fā)狀況，小五郎只能繼續(xù)開車等待警察前來(lái)救援，但是即使打破玻璃救走小蘭和柯南，卻依舊無(wú)法保證小五郎的安全，如何讓車子在保持時(shí)速的情況下停止？犯人到底與小五郎又有何恩怨？

柯南認(rèn)為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調(diào)查，與此同時(shí)，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺到了蛛絲馬跡，當(dāng)他趕到與浦生良造初次見面的餐館時(shí)碰巧遇見了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關(guān)鍵性的證據(jù)被暗中襲來(lái)的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰(shuí)，面對(duì)真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？

小蘭從昏迷中醒來(lái)時(shí)發(fā)現(xiàn)自己在一個(gè)小木屋里，并且身上的傷也被人包扎好了，這時(shí)，小五郎他們也找到了這里，服部在隔壁的房間發(fā)現(xiàn)了很多新線索，他把案件從新理順后，將所有人都叫到了村長(zhǎng)家，并指認(rèn)這個(gè)用刀刺傷河內(nèi)深里的人就是他身旁的工藤新一，沒想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主動(dòng)承認(rèn)自己的罪行，就在這時(shí)，死羅神出現(xiàn)。