笹本安太郎和神尾總是遭到大學(xué)時期同在推理研究會的日影的襲擊，因為實在無法忍受這種恐懼，在笹本的提議下他們找到了小五郎，神尾說日影曾寄給他一份小說的原稿，而里面的內(nèi)容完全是如何殺人，而且他們的另一位同伴就死于小說中的手法，調(diào)查期間，神尾遭到炸彈襲擊， 笹本則差點被車撞傷，就在警察將注意力都放在搜索日影時，柯南卻認(rèn)為兇手另有其人。

為了做天體觀測，阿笠博士帶著少年偵探隊來到一個坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準(zhǔn)備上山看星星的時候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當(dāng)晚，二川的尸體被少年偵探隊發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

柯南們?nèi)⒂^步美發(fā)現(xiàn)的可愛的新房子。從閣樓的天窗可以看到毛利偵探事務(wù)所的一部分。2天后柯南們從步美那聽說，那個房屋賣掉了。據(jù)說買主是一對70多歲的老夫婦。而在柯南他們認(rèn)識那個房屋里的老太太之后，偷拍在事務(wù)所吃晚飯的柯南們的人物也出現(xiàn)了，竟然是住在閣樓的家的老夫婦！而柯南也最終發(fā)現(xiàn)了老夫婦的真實身份。

某日清晨，柯南等人正在觀察4只青蟲時看到有警車在附近停靠。為打探消息柯南他們隨即趕往現(xiàn)場。根據(jù)高木刑警的敘述得知，獨自生活的一位老人被殺。利用午休時間，高木等人來到學(xué)校。據(jù)說昨晚，有個少年剛巧目擊了犯罪經(jīng)過警方隨即來尋找那名少年。高木雖然找到了那名目擊者圭一，但是圭一卻不承認(rèn)看到過犯人。

少年偵探隊按照暗號分別找到了剩下的兩個時光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個發(fā)現(xiàn)的時光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……