毛利小五郎受久須美工械廠社長(zhǎng)的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對(duì)職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對(duì)象，三人計(jì)劃在倉(cāng)庫(kù)抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。

柯南和平次傳來(lái)歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學(xué)家主動(dòng)要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長(zhǎng)詢問細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時(shí)樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房?jī)?nèi)，待柯南等人趕到時(shí)已經(jīng)喪命。經(jīng)過(guò)一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

毛利一家大早上就來(lái)到了白羅咖啡廳，安室特制的蛋糕是店里的招牌，但打開冰箱后卻發(fā)現(xiàn)蛋糕融化了。少年偵探團(tuán)聽到柯南在白羅咖啡廳便全跟了過(guò)來(lái)，得知蛋糕融化后他們都很失望，為了讓伙伴們吃到安室的蛋糕柯南準(zhǔn)備著手調(diào)查此事，經(jīng)過(guò)了幾天的監(jiān)控他們并沒有找到原因，這起蛋糕融化事件的真相到底是什么？

為了打開藏有珍貴月長(zhǎng)石的機(jī)關(guān)盒，鈴木次吉郎準(zhǔn)備在鈴木大圖書館將機(jī)關(guān)盒展出，并邀請(qǐng)各界人士前來(lái)打開機(jī)關(guān)盒。同時(shí)，他也向怪盜基德發(fā)出了邀請(qǐng)，希望借此機(jī)會(huì)吸引基德并將其繩之以法。收到邀請(qǐng)函的基德如約而至，正當(dāng)眾人專心致力于打開機(jī)關(guān)盒時(shí)，基德已偷偷偽裝成其他人的模樣伺機(jī)以動(dòng)?？履夏芊耥樌页龌抡嫔?？

死者被殺時(shí)手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的水龍頭還一直開著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時(shí)半會(huì)兒找不到兇器。在詢問了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運(yùn)用了什么手法來(lái)作案的呢？