八號車廂里的殺人事件已經(jīng)偵破，而有希子與苦艾酒的對峙還沒有結(jié)束，在八號車廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計劃的一樣，隨著列車的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來協(xié)助柯南的究竟是何方神圣？

從純夏女士的電話留言和宅司的表情中柯南看出了這并非是正當(dāng)防衛(wèi)，而是宅司利用自己太太的習(xí)慣策劃的謀殺，他的所作所為會讓夫妻之間走到盡頭。得知妻子沒有生命危險的宅司從安心到負(fù)罪感到恐懼的變化驗證的柯南的推理，他與灰原在阻止了宅司自殺后解除了夫妻倆的誤會，知道真相的宅司陷入了無盡的悔恨之中。

以幕末的長崎為舞臺，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團的簡報，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過來，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺詞。

看似自殺的案件還存在著很多疑點，現(xiàn)場留下的物件和快速轉(zhuǎn)臺的情況讓柯南明白了作案手法，而能夠作為決定性證據(jù)的物品還藏在真正的兇手身上。奶奶受到的訊息讓恩田的謊言不攻自破，而作為冒牌小五郎的他正處于尷尬的境地，察覺到背后隱情的柯南并不準(zhǔn)備揭穿他，柯南還準(zhǔn)備讓這個冒牌的小五郎展現(xiàn)名推理指出真正的兇手。

從火災(zāi)現(xiàn)場逃出來的柯南等人看到的是跪坐在地上的初穗，想要殺害館長的三人卻反被殺害，而初穗承認(rèn)自己失手將想要對館長下手的姐姐殺死，看到現(xiàn)場遺留的物品后柯南有了線索，這并不是一起單純的正當(dāng)防衛(wèi)，在這個事件的背后還隱藏著不為人知的真相，隱藏在能面背后的真正兇手到底是誰？