社長夫人就好像是在簽名的時候被默默溜進(jìn)來的幽靈毒害了一樣，就像是寄給服部奇怪信件的人類擅自虛構(gòu)出來的不正常的存在所下的毒手。門把和拖鞋上所撒的毒粉只是掩人耳目的手段，而饑餓的玉郎也是因?yàn)橘Z斯特羅錯覺選擇了有毒的蛋糕，和高木警官的對話后柯南和服部已經(jīng)知道了兇手的辦案手法，但他們現(xiàn)在依然缺少決定性的證據(jù)。

圍繞著由推理游戲急轉(zhuǎn)成的殺人事件，柯南在詢問過車內(nèi)有嫌疑的人后漸漸有了線索，事件背后的兇手終于露出了馬腳，正在他上演推理秀時卻有其他的事情發(fā)生。單獨(dú)出去的小哀至今未歸，而世良真純也被神秘人物電暈帶走，但這個車上還藏著不一般的人物，最后誰是贏家現(xiàn)在還沒有定論。

被初音小姐雇傭的偵探安室透在調(diào)查伴場先生時發(fā)現(xiàn)了一件事，初音小姐和伴場先生都是從同一間飯店獲救的嬰兒，兩人都是在身份不明的情況下在同一所教會中撫養(yǎng)長大，聽到這些之后的初音非常在意。所有的證據(jù)都指向了伴場先生，在車底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，這背后或許有著令人悲傷的事實(shí)。

結(jié)束大致的案件詢問之后柯南一行人決定開車送圭小姐回家，卻發(fā)現(xiàn)圭小姐家中被安裝大量的竊聽器，在尋找竊聽器的安裝地點(diǎn)時竟然找到了一具男尸。另一方面跟著打算買東西的圭小姐而離開公寓的柯南被綁架，接到小蘭的電話后阿笠博士立即和灰原在昴先生的陪同下開始追蹤，而了解了事情始末的世良也前去和小蘭會面。

少年偵探團(tuán)利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來的社長竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號的社長急忙拜托調(diào)查。