藤枝干雄被殺，雖然家中每個(gè)人的反應(yīng)有著微妙的差別，但卻都有不在場(chǎng)證據(jù)。在警方的調(diào)查之后，在妃英理和有希子的推理下判定為內(nèi)部作案。而在有希子詢(xún)問(wèn)了園丁土肥之后眾人又發(fā)現(xiàn)了新的疑點(diǎn)。在父親工藤優(yōu)作的暗示基礎(chǔ)上，柯南了解了兇手作案的手法，而最終有希子在柯南的幫助下揭開(kāi)了事件的謎底。

從現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查回來(lái)以后，柯南已經(jīng)知道了兇手的犯案手法并且還找到了決定性的證據(jù)，萬(wàn)事俱備，柯南用花言巧語(yǔ)讓小五郎做了特別辯護(hù)人，開(kāi)庭前柯南還在妃英理面前重現(xiàn)殺人手法。妃英理和九條的對(duì)戰(zhàn)再度打響，柯南本想讓小五郎自己發(fā)揮，可他卻越幫越忙，于是，柯南以慣用手法將他麻醉，在法庭上揭露真兇。

柯南、小蘭、小五郎在吃完法國(guó)料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車(chē)站的吵架現(xiàn)場(chǎng)。而之后那個(gè)中年男子在爭(zhēng)斗中從站臺(tái)掉下下去當(dāng)場(chǎng)死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場(chǎng)后柯南終于揭開(kāi)了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因?yàn)榕笥延龅杰?chē)禍而報(bào)復(fù)殺人的事實(shí)。

震撼警視廳 1200萬(wàn)人質(zhì) (之一)佐藤警官回憶起了三年前發(fā)生的事情，當(dāng)時(shí)她所在的搜查科來(lái)了一位叫松田陣平的警官，在目暮警官的要求下，她便常常和松田一起行動(dòng)。某日，警局再次收到了連續(xù)三年都在這一天發(fā)來(lái)的傳真，看過(guò)內(nèi)容后，松田不由分說(shuō)的趕去摩天輪，并在那里發(fā)現(xiàn)了炸彈，為給四年前因炸彈而死的朋友荻原研二報(bào)仇，他只身犯險(xiǎn)，卻不幸殉職。這時(shí)，柯南他們的聲音打斷了佐藤的回憶，一起吃飯的路上又遇到了高木和白鳥(niǎo)警官，豈料悲劇再度發(fā)生。

因?yàn)榇跬皆谡◤椛涎b了竊聽(tīng)器，可以聽(tīng)到他們的一舉一動(dòng)，只要他們一逃走，歹徒就會(huì)馬上引爆炸彈，于是，柯南建議將炸彈拆除，期間，他突然想起了關(guān)于另外一枚炸彈的線索，便和高木警官稍作商量，為正在竊聽(tīng)他們的歹徒演上一出戲，眼看炸彈上的時(shí)間一點(diǎn)點(diǎn)流逝，柯南和高木警官能否瞞過(guò)歹徒安全逃脫？而另一邊，目暮警官在天橋上將爆炸狂逮捕，他是如何得知歹徒的位置，又是根據(jù)什么推斷出另外一枚炸彈的位置呢？