正在進行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時候灰原卻忍受著內心的煎熬。內心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經更近一步接近灰原，她絕對不能以這種摸樣被人殺害。

巧克力甜點師辻元先生在世界大賽上獲獎的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設計師真悠子小姐的浪漫愛情也讓很多人憧憬。鈴木財團的協助讓辻元的店鋪將在明天開業，而園子和小蘭則是這個店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎的作品時發生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。

洋房的主人傳了封群組訊息集合所有的兄弟姐妹，此時大家看到了浮現在窗邊驚悚模樣的主人，一起目擊了飛翔在天空中的怪物，隨后他們還發現了次男的尸體，案件愈發的破朔迷離。這起靈異的命案和之前洋房主人未婚妻的事故有著千絲萬縷的關系，而策劃那起事故的正是兄弟姐妹中的某人。

委托小五郎調查男友柘植是否有外遇的笹森小姐不幸從石階上墜亡，三個月后小五郎又接到了柘植的電話，他表示會公開殺害笹森小姐的兇手。除了小五郎之外，在葬禮上吵成一團的三人也都被叫到了現場，但當他們一起進入房間后卻發現柘植先生已經被人殺害，而殺害柘植先生的兇手必定也與笹森小姐的事件有所關聯，而兇手就在受邀前來的三人里面。

來到正南家里的少年偵探團的各位開始玩起了花牌，而游戲中正南好像利用花牌向小哀他們傳遞了什么信息。缺少柯南的少年偵探團的各位開始分析正南的用意，通過小哀的推理確定了正南的母親的所在地，就在這時小哀突然發現了陌生的手機，而此時兩名犯人也露出了真相。突然門鈴響了起來！就在犯人開門接收快遞的時候柯南和高木趕來救援！