元太帶朋友們來到一家寵物店，沒想到居然發(fā)現(xiàn)了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現(xiàn)了本不該在這個(gè)季節(jié)出現(xiàn)的甲蟲，為了進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅(qū)車趕往群馬，在這里他們認(rèn)識(shí)了博物館職員荒木、甲蟲研究家榛名和雜志社編輯石田，當(dāng)?shù)弥拙粴⒌南⒑螅總€(gè)人都連忙推卸，但根據(jù)目前掌握的線索，兇手一定就在他們?nèi)酥小?/p>

懷疑小蘭的高中英語教師朱蒂是黑衣組織的成員而拜訪公寓的服部平次與柯南，遇上朱蒂隔壁房間的主人高井墜樓摔死的案件。確信密室狀態(tài)的臥室從窗戶墜落的高井不是自殺而是他殺的兩人，在臥室調(diào)查中的平次接到和葉從大版打來的電話而明白犯罪手段的平次加上高井留下的證據(jù)。兩人向目暮警官建議在臥室重現(xiàn)案發(fā)。

警察在調(diào)查玲治、拓人、晴華的時(shí)候，柯南發(fā)現(xiàn)野營車的敞篷車頂黏著血跡，之后柯南在現(xiàn)場(chǎng)附近找到了帶血的塑料布，雖然查明殺人的詭計(jì)卻沒有辦法確定犯人是誰。而在觀察三名嫌疑人之后柯南最終確定了犯人。而在確鑿的證據(jù)面前，兇手最終承認(rèn)了罪行，并道出了因?yàn)椴粷M以金錢玷污了友情的泰美而最終殺害她的事實(shí)。

柯南和小蘭跟著小五郎來到關(guān)門海峽，還在這里認(rèn)識(shí)四個(gè)高中時(shí)代就是同學(xué)的年輕人，沒想到第二天，他們的另外一名高中同學(xué)真尾被人發(fā)現(xiàn)橫尸關(guān)門橋下，起初警方懷疑兇手就在與死者見過面的那四名同學(xué)中，然而他們都有不在場(chǎng)證明，偵訊過后四個(gè)人都擺脫了嫌疑，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了破綻。

被誤認(rèn)為同學(xué)片岡純而遭到綁架的柯南成功的從廢棄建筑的地下室逃脫回來。在不斷的觀看錄像帶之后高木警官發(fā)現(xiàn)了車輛忽然消失的手法。很快綁架犯吉澤正發(fā)現(xiàn)被絞死在停在停車場(chǎng)的輕型四輪車中，在搜尋同伙的時(shí)候江崎幸子成為了重要嫌疑人。而在柯南的推理下真正的綁架同伙浮出水面。在佐藤和高木警官的協(xié)助下犯人終于被捕。