最近，都市里出現了一名專門襲擊長發女子的榔頭男，警方根據目擊者的通報找到了榔頭男的住所并在周圍展開了監視，期間，有三個人陸續進出過榔頭男的房間，他們分別是宅配快遞員、機車送貨員和披薩外送員，考慮到這可能是兇嫌所使用的調虎離山計，警方匆忙沖進了他的房間，不想卻發現一名疑似榔頭男的人倒在屋內。

小林老師在圖書館里發現了一個牛皮錢包，那里放了小學一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想卻在學校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發出挑戰并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！

佐藤警官在分別對三個嫌疑人秘書穴吹晴榮、撰稿人出島覺治和攝影師垂水進行偵訊之后，并未發現有何異樣，就在柯南絞盡腦汁破解密室手法之時，高木警官一句無意的話提醒了他，可是因為佐藤警官在場柯南不便麻醉小五郎，他只能暗中提示，所幸大家在他有意識的引導下，解開了真相。雖然案件解決，但佐藤警官的戒指之謎還有待高木破解。

小五郎，蘭，柯南一行人受到虎田直信的委托，負責調查他的兒子義郎離奇死亡的案件，與此同時，服部在虎田的死對頭龍尾家調查他兒子康司的死亡，與義郎相同，康司的尸體旁也擺放了一只死蜈蚣。當晚，和葉和小蘭看到了身著鎧甲的戰敗武士的影子，得知此事后，龍尾家的綾華神大驚失色跑了出去，而發現她的時候，她已經被吊死在一顆樹上，腳下同樣出現了一只死蜈蚣。

死者鍛吾是被人捆綁溺斃在泳池中而死，他的一只手上還戴有前管家的手套，作為父親的角藏認為兇手就是這棟宅邸中的某個人，聞聽此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的結論，可是當晚，角藏的房間里就傳出花瓶摔碎的聲音，當大家趕到時，角藏已上吊身亡，在案發現場高木警官發現疑似角藏所留下的死亡訊息。