半年前毛利小五郎去杯戶北町工作時(shí)，碰巧遇到了一起事件。名為桐崎禮美的女性被發(fā)現(xiàn)吊死在自己的公寓中，因?yàn)榉繓|和桐崎的鄰居惠小姐都能證明她有自殺的傾向，外加她還留有一封遺書(shū)，所以事件被當(dāng)做自殺處理。桐崎的死讓惠小姐非常自責(zé)，而小五郎的話讓她重新振作了起來(lái)，為了感謝小五郎才有了今天的約會(huì)，但在約會(huì)中柯南卻看出那起案件的隱情。

利用步美找到的暗號(hào)解讀表，柯南本以為能順利解開(kāi)暗號(hào)，不料卻遇到了瓶頸。正當(dāng)此時(shí)，若狹老師再次拜托少年偵探團(tuán)前往舊倉(cāng)庫(kù)尋找石灰。來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)的眾人發(fā)現(xiàn)倉(cāng)庫(kù)一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開(kāi)了暗號(hào)的含義，并推測(cè)犯人將再次來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)。為了避免打草驚蛇，柯南設(shè)計(jì)誤導(dǎo)犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？

在幫純子小姐調(diào)查入室偷竊的時(shí)候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調(diào)查附近鄰居時(shí)柯南看出了端倪。所調(diào)查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說(shuō)明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒(méi)有找到關(guān)鍵的證據(jù)，小五郎在電梯里整理儀容時(shí)柯南突然明白了什么。

一直被大家遺忘在家中的狗引起了柯南與平次的注意，二人很快就洞察了這一系列殺人事件的作案手段。平次委托村長(zhǎng)告訴眾人他已經(jīng)得知了鵺的真面目，并在庭院內(nèi)為眾人重新演示了一遍案發(fā)當(dāng)日的情形。在二人的推理下真相終于浮出水面，兇手成功被警方抓獲。當(dāng)案件塵埃落定后，平次終于鼓起勇氣準(zhǔn)備向和葉告白……

柯南等人來(lái)到方斗寺調(diào)查會(huì)預(yù)知未來(lái)的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內(nèi)留宿。正當(dāng)眾人享用晚飯時(shí)，突然從房?jī)?nèi)傳出一聲慘叫，原來(lái)是正在房中念經(jīng)的住持被人殺害。毛利小五郎通過(guò)柯南在院內(nèi)找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當(dāng)兇手跪地坦白自己的罪行時(shí)，柯南突然發(fā)現(xiàn)案件并沒(méi)有結(jié)束……