柯南在調(diào)查橘律師釣魚的小船之后發(fā)現(xiàn)可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之后衫村小姐說出熊田達(dá)也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之后柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達(dá)也的發(fā)法。而兇手也主動(dòng)承認(rèn)了罪行并道出了殺人的理由。

灰原這么做的目的是要叮嚀柯南坦白有風(fēng)險(xiǎn)，讓他謹(jǐn)慎考慮，并在他面前擺出三個(gè)選擇，柯南會(huì)如何抉擇？另一邊，帝丹高中園游會(huì)的當(dāng)天，話劇在體育場(chǎng)上演的時(shí)候，觀眾席竟然出現(xiàn)了謀殺案件，這時(shí)，突然出現(xiàn)了一位迷之少年，當(dāng)他摘掉隱藏身份的帽子時(shí)，在場(chǎng)的所有人都驚呆了，許久未露面的工藤新一居然會(huì)出現(xiàn)在這里，然而，和葉卻揭穿了這個(gè)家伙的真實(shí)身份。

當(dāng)大家趕到神像處時(shí)，榮造早已氣絕身亡，聞?dòng)嵹s來的警察也迅速介入調(diào)查，當(dāng)前唯一可以確定的是，兇手就在當(dāng)時(shí)搭乘纜車的人之中，柯南注意到了山下的工人休息室便趁大家不注意的時(shí)候跑去調(diào)查，卻在這里發(fā)現(xiàn)……有了這樣?xùn)|西，一切謎題迎刃而解，他提出讓大家再次搭乘纜車以場(chǎng)景重演的建議，并麻醉小五郎說出了事情的真相。

小五郎因?yàn)橹辛瞬势睅е√m和柯南一起享受可以在南紀(jì)白濱住上一晚的旅行，并在那里結(jié)識(shí)了寫生旅行的醫(yī)科大學(xué)學(xué)生新莊真紀(jì)，由良達(dá)彥，宮原加奈子，藤浩太，三井元，五人之間似乎有著復(fù)雜的關(guān)系。第二天毛利他們偶然遇見了藤浩。正巧慌張的三井給藤浩的手機(jī)打來了電話說三段壁的樹林里發(fā)現(xiàn)真紀(jì)胸口中刀被殺。而柯南發(fā)現(xiàn)散落在現(xiàn)場(chǎng)鑰匙的疑點(diǎn)。

小五郎帶著小蘭和柯南來到“黃昏別館”，途中還偶遇了同是偵探的千間降代，當(dāng)他們到達(dá)之后才發(fā)現(xiàn)，此次受邀前來的茂木遙史、大上祝善、槍田郁美和白馬探都是名偵探，而在這棟別墅內(nèi)隨處可見陳年的血跡。在晚宴上，本以為能一睹這位別墅主人尊容的各位偵探卻掃興的發(fā)現(xiàn)，他居然頭戴面罩，并且還阻斷了所有道路，要求偵探們?cè)谶@棟孤立無援的別墅內(nèi)幫他尋找寶藏。