13年前，發(fā)生過(guò)的國(guó)友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會(huì)接近關(guān)口被殺的3層的陽(yáng)臺(tái)，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測(cè)出來(lái)的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

阿笠博士帶著柯南等人一起來(lái)到丸見(jiàn)碼頭釣魚(yú)，還在這里結(jié)識(shí)了釣客白根、金谷和江尻 ，之后，大家各自尋找釣魚(yú)的位置，唯獨(dú)江尻一人在防波塊上釣魚(yú)，經(jīng)過(guò)了漫長(zhǎng)的等待，除了光彥釣上了一條竹莢魚(yú)，其余人均無(wú)所獲，就在大伙兒準(zhǔn)備離開(kāi)時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)江尻中毒昏倒。

根據(jù)死者筆記的記載，怪盜基德也很有可能混在這次尋寶活動(dòng)中，突然天降大雨，少年偵探隊(duì)進(jìn)入了大宅院內(nèi)機(jī)關(guān)重重的房子，元太認(rèn)為寶物一定就在房屋的最高層，便急著前往，不想剛踏上樓梯就踩中了機(jī)關(guān)，所幸被屋子里的一位尋寶獵人所救，之后柯南等人與他一起行動(dòng)，期間還碰到了另外兩位尋寶獵人，因?yàn)樵拇中模蠹业袈湮葑拥淖畹讓樱瑳](méi)想到這里居然白骨遍地。

放學(xué)后，小蘭在鞋柜里發(fā)現(xiàn)了一封情書(shū)，正當(dāng)她為此而煩惱時(shí)，遇到了曾在帝丹高中上學(xué)的學(xué)姐，她說(shuō)家里遭到了不明人士的入侵，可奇怪的是小偷不僅沒(méi)偷錢(qián)，反而還給她死去的丈夫上了一炷香，并且自己的日記也有被人查看過(guò)的跡象，期間學(xué)姐還談起了高中時(shí)期被自己拒絕過(guò)的男生，看過(guò)照片后，小蘭說(shuō)她今天見(jiàn)過(guò)這個(gè)男生，之后，園子將整個(gè)事件的來(lái)龍去脈推理出來(lái)，這時(shí)，學(xué)姐說(shuō)她還有一件事瞞著大家……

警方調(diào)查期間本山總是鬼鬼祟祟的像是在謀劃著什么，他提議大家一起去吃飯，然后又謊稱(chēng)自己有東西落在了車(chē)上，返回座位偷偷拿走了小蘭裝在包里的網(wǎng)球，然而暗自慶幸計(jì)劃成功的本山還不知道，這時(shí)的警方和小五郎早在柯南的提醒下，知道了他就是兇手以及他的作案手法，于是，大家暗中尾隨他來(lái)到機(jī)場(chǎng)，在他企圖逃逸之前將他的罪行揭穿！