少年偵探團(tuán)在兒童跑腿活動中，充當(dāng)活動記錄。一行人跟在兒童小宏后面攝影，可是小宏總是亂跑，期間還曾跑進(jìn)過，一幢將要拆掉的廢棄大樓里，小宏在躲過了兩次人為制造的意外后，被人擄走，柯南從記錄的中發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，他們來到廢棄大樓，并在地下室找到了小宏和一具尸體，這時，兇手將少年偵探團(tuán)關(guān)到樓中，而外面拆除大樓已經(jīng)開始，少年偵探團(tuán)能否逃過一劫？

小蘭、園子和柯南三人滑雪時，意外的碰到小蘭的小學(xué)老師米原等人，并在他們的邀請下住進(jìn)了滑雪別墅里，當(dāng)晚，園子和米原被人襲擊，之后還發(fā)現(xiàn)了遲到的杉山被人勒死的尸體，他們?nèi)齻€人手上分別寫著「美」「奈」「子」三個字，看到這些字下田回到自己房間躲起來，柯南和阿笠博士聯(lián)系后得知三年前杯戶小學(xué)發(fā)生過自殺案件，當(dāng)時自殺的學(xué)生就叫望月美奈子。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅?；顒右?guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請卻觀看夜景。就在這時暗夜公爵卻墜樓生亡！

步美某日經(jīng)過傳說中的鬼屋，而且還看到屋內(nèi)有鬼火！為了一探究竟柯南，步美，光彥還有元太一起出動來到這個傳說中的鬼屋。因?yàn)槲葜鞅粴⒑蠹依锏钠渌司屯蝗婚g不知去向，于是許多鬧鬼的傳說就此傳開。但在柯南和少年偵探團(tuán)的各位探查之后發(fā)現(xiàn)了鬼屋中真的有人居住著！在調(diào)查了屋子之后柯南終于發(fā)現(xiàn)背后真正的秘密。最終殺害房子主人的兇手也自首承認(rèn)罪行。

大名鼎鼎的巽律師找小五郎來酒店談事情，他希望小五郎可以找到自己妻子外遇的證據(jù)。晚上，小五郎等人經(jīng)過巽律師家時，看到有好多警察，原來是巽太太被人謀殺，柯南在現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了訂書針，而嫌犯最大的就是巽律師，可是兇案發(fā)生時他正和小五郎在一起，擁有完美的不在場證明，柯南決定重回酒店開始調(diào)查，洗衣輸送管，酒店鬧鈴聲還有訂書針，將這些串在一起，真相只有一個。