劉備（孫彥軍飾）因不聽諸葛亮（唐國強飾）的勸說而大敗，現悔恨成疾，命在旦夕。劉備臨終前交代諸葛亮：馬謖不可大用，要深察之，太子如不可輔助，可自立為王。諸葛亮感恩戴德，表示絕不會自立為王。司馬懿進諫曹丕可差使下書，集結五路大軍合力滅蜀。蜀國君臣聞訊惶恐不已。諸葛亮向劉禪說明了他的退兵之策，并差鄧芝出使東吳，向孫權（吳曉東飾）說明其中的利害關系。孫權設下油鼎、武士欲殺鄧芝。鄧芝看此陣勢毫無懼色。正當他舌戰東吳君臣之時，吳卒來報曹丕四路大軍以不戰自退，鄧芝隨即說出諸葛亮退兵之策，并陳述吳蜀乃是唇齒關系，加以利害之說。孫權聽罷派使臣張溫去蜀結盟。蜀臣秦宓與張溫比試才學，張溫欽佩蜀國人才濟濟。諸葛亮笑說張溫深知安國之道。諸葛亮親自為張溫敬酒送行，派鄧芝隨行回禮孫權。曹丕聞訊吳蜀結盟而大怒，親摔水路大軍征討東吳，諸葛亮命趙云襲擊魏國。趙云連勝之時，蜀國南方暴動，諸葛亮命趙云回兵去平暴動。

當曹軍急攻烏巢淳于瓊營時，袁紹增援的部隊已經迫近。曹操勵士死戰，大破袁軍，殺淳于瓊等，并將其糧草全數燒毀。袁軍前線聞得烏巢被破，導致軍心動搖，內部分裂，大軍遂潰。袁紹倉惶帶800騎退回河北，曹軍先后殲滅和坑殺袁軍7萬余人，官渡之戰就這樣以曹勝袁敗而結束。

劉禪愚鈍且不理政事。諸葛亮（唐國強飾）請求平定南方暴動，用離間計攻取雍長城，準備與孟獲開戰。馬謖提議攻打孟獲以攻心為上，攻城為下，諸葛亮贊成其策。孟獲得知諸葛亮占領雍長城大驚，命三將領兵攻打。諸葛亮殺死一將，俘獲余下二將卻放走他們，希望化干戈為玉帛。諸葛亮猜到孟獲會親率兵來犯，便設下埋伏，生擒了孟獲。孟獲不服，諸葛亮為收人心而放之，其下兵卒給予糧食并放回。孟獲倚仗瀘水之毒阻止諸葛亮進軍。諸葛亮等馬岱將藥物運來后，命其率部斷掉敵軍糧道。馬岱士卒過瀘水時，因不知有毒，死傷慘重。阿會喃聞訊后悄悄跑去蜀營，向諸葛亮說明了瀘水之毒的原由和過江之法。馬岱率部渡過瀘水，切斷了孟獲的糧道。孟獲派董荼那領兵打通糧道，并暗中派人監視發現了董荼那不戰而回，在其部將的勸說之下，沒有殺掉董荼那。阿會喃和董荼那深夜趁孟獲熟睡時生擒之，并送于諸葛亮。諸葛亮聞孟獲不服，再次放回，并故意讓他看到營中糧草。

孫權（吳曉東飾）按照周瑜（洪宇宙飾）之計，多送劉備美色與庭院，讓他享盡榮華富貴，以待時機奪回荊州。遠在荊州的關羽（陸樹銘飾）、張飛（李靖飛飾）終于坐不住了，面見諸葛亮問（唐國強飾）其原因，諸葛亮早已算定劉備年初必歸。趙云拿出諸葛亮的錦囊，依其中計策，以曹操攻打荊州為由，催促劉備即刻趕回荊州。劉備帶孫尚香逃回荊州，孫權派大軍掩殺，孫尚香得知自己只是孫權奪回荊州的工具，便親自開路帶劉備逃出了東吳領地。諸葛亮派船前去迎接劉備，劉備最終平安返回荊州。周瑜則吐血倒地。

魏軍與蜀軍交兵于祁山，司馬懿（魏宗萬飾）屢次中計，于是閉門不出，以逸待勞。劉禪恢復了諸葛亮丞相的職位，但這時諸葛亮的身體已經大不如前。諸葛亮設計引魏軍出戰，司馬懿與諸葛亮斗智斗勇，知道這是諸葛亮的誘敵之計，于是分兵兩路夾擊蜀軍，諸葛亮也做好了周密的部署，分兵四路對抗魏軍。此時魏延（王心海飾）已經有了反心。魏軍慘敗。諸葛亮卻重病倒下，全軍撤回漢中。一年后魏軍率兵四十萬直逼漢中，諸葛亮訂下退敵之策準備再出祁山。連降秋雨，魏軍冒雨而退，諸葛亮乘勢再出祁山。