被誤認為同學片岡純而遭到綁架的柯南成功的從廢棄建筑的地下室逃脫回來。在不斷的觀看錄像帶之后高木警官發(fā)現(xiàn)了車輛忽然消失的手法。很快綁架犯吉澤正發(fā)現(xiàn)被絞死在停在停車場的輕型四輪車中，在搜尋同伙的時候江崎幸子成為了重要嫌疑人。而在柯南的推理下真正的綁架同伙浮出水面。在佐藤和高木警官的協(xié)助下犯人終于被捕。

為了找到兇器柯南再次返回案發(fā)現(xiàn)場進行調查，并要求重新查看嫌疑人的證物，這時，他注意到了貼在地板上的走位標記，并在這些膠帶下面發(fā)現(xiàn)了棉花，這些線索無疑讓他知道了兇器的位置以及兇手的犯案手法，正當他準備麻醉小五郎時，卻發(fā)現(xiàn)麻醉針已經(jīng)沒有了，他只能直接給小五郎提供線索，沒想到小五郎竟然單獨找瑠璃談話，難道他懷疑瑠璃，所以要勸她自首？

某個星期日，柯南和小五郎在樓下喝咖啡的時候，從店員阿紫那里聽到了一件奇怪的事情，一位客人用完餐之后將手機落在了店里，期間，阿紫曾接到過三通電話，最奇怪的就是最后一次，柯南和小五郎查看手機，發(fā)現(xiàn)這里面所存的號碼和名字全部都是虛假的，就在二人毫無頭緒的時候，由美拿著這家店的發(fā)票找到這里，而這些發(fā)票的持有者正是手機的主人，由美說這個人已經(jīng)出車禍死亡，為了調查事情的真相，柯南建議給電訊公司打電話查詢。

柯南等人在警視廳鑒證連續(xù)發(fā)火現(xiàn)場遺留的紅馬現(xiàn)場照片，發(fā)現(xiàn)其中1張紅馬上有“兔”字，由此推出“紅馬”是三國志中出現(xiàn)的赤兔馬。另一方面，古董品店長玄田隆德到訪諸角宅，由于他打算送給諸角亮子的塑像是騎乘著赤兔馬的關羽，玄田的名字引起了搜查線上的注意。在一系列的推理調查之后玄田被捕了，但柯南和平次卻發(fā)覺了這其中的異樣。最終在柯南和平次的聯(lián)手調查下犯人的真面目慢慢浮出水面。

高木警官和佐藤警官瞞著警局里的同事們，偷偷在熱帶樂園的水世界見面，為了阻撓他們的約會，警局的同事們暗中搗鬼，安排柯南，光彥等人出現(xiàn)在他們面前，就在這個時候，高木警官原本裝有求婚戒指的包居然出現(xiàn)毒品，之后，他意識到這一定是在搭乘“海地五萬里列車”時被人調了包，柯南根據(jù)這個包包的肩帶判斷出他的主人是個左撇子，并根據(jù)當時所拍攝的照片和游客所填寫的信息表，將目標鎖定在一個叫高城登的人身上。