解決了暗號事件回到日本的柯南終于恢復了正常的生活，在放學回家的路上元太提議大家進入即將拆遷的大樓內(nèi)來玩捉迷藏。就在這時元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們在搜尋的過程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團們開始尋找被困的人，就在這時之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應該這應該辦！

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個嫌疑人展開詢問，可是每個人都有不在案發(fā)現(xiàn)場的證明，與此同時，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時將高明救出，把他送到醫(yī)院的時候，小蘭對醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個問題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

就在所有人驚訝于晶子之死時，樸之木匆忙跑來說漫畫家比良坂也死在了房間中，于是，小五郎、柯南等人急忙趕到現(xiàn)場，這又是一起密室殺人，詭異的是這個房間的門口堆滿了被撕碎的小煌小姐的海報碎片，警方展開調(diào)查并對別墅里的所有人進行偵訊，八川談到了澤南被殺的命案，以及比良坂、澤南和樸之木受到不明人士威脅的事情，難道這與此次的密室殺人案有關系？澤南死前所留下的死亡訊息又隱藏著什么意義？

服部把和葉的護身符錯交給了國末照明，為了要回裝有服部照片的護身符，二人到東京。他們找到國末的朋友并隨他來到一家運動咖啡館，不想國末卻在廁所里被人毆打昏迷不醒。于是，柯南、服部和高木警官一起展開調(diào)查，他們把嫌疑人的范圍縮小到三個人，并推斷國末白天觀看的比賽和這起事件有密切關系，可是他看的到底是什么比賽？這三個嫌疑人的證詞中又隱藏著什么線索？

對時鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會上被刺身亡。在調(diào)查來賓是古垣透露出犯人肯能是個胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽到大時鐘的零點報時后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報時的大時鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認了因為為好友報仇而殺人的事實。