小五郎的朋友向日葵酒吧的老板井上弘子意外被人殺害，當(dāng)他和柯南趕到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)時(shí)，弘子的男朋友高岡明已守在尸體旁邊，目暮警官等也展開(kāi)了調(diào)查，據(jù)周圍人所說(shuō)，在案發(fā)期間并沒(méi)有人出入死者所在的公寓，并且嫌疑人高岡明當(dāng)時(shí)也有充分的不在場(chǎng)證明，就在警方斷定這是起入室搶劫殺人事件時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線索，他重新推斷死亡時(shí)間，并斷言這里并非案發(fā)的第一現(xiàn)場(chǎng)。

根據(jù)紙飛機(jī)上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時(shí)間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機(jī)的人想傳達(dá)的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機(jī)發(fā)到新一的手機(jī)上，將這三個(gè)帶有暗號(hào)的紙飛機(jī)串聯(lián)在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日?qǐng)?bào)道的代田社長(zhǎng)以及他所在的地點(diǎn)，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進(jìn)了綁匪的據(jù)點(diǎn)。

死者鍛吾是被人捆綁溺斃在泳池中而死，他的一只手上還戴有前管家的手套，作為父親的角藏認(rèn)為兇手就是這棟宅邸中的某個(gè)人，聞聽(tīng)此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的結(jié)論，可是當(dāng)晚，角藏的房間里就傳出花瓶摔碎的聲音，當(dāng)大家趕到時(shí)，角藏已上吊身亡，在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)高木警官發(fā)現(xiàn)疑似角藏所留下的死亡訊息。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開(kāi)了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過(guò)程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過(guò)其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

服部打電話告訴柯南雖然沒(méi)有查到水無(wú)憐奈的過(guò)去，但是找到了關(guān)于神秘轉(zhuǎn)學(xué)生本堂英祐的事情，于是，柯南根據(jù)服部所提供的情報(bào)和阿笠博士、灰原來(lái)到了據(jù)說(shuō)有英祐父親照片的模型店店長(zhǎng)的家中，可是，店長(zhǎng)卻發(fā)現(xiàn)柯南要找的照片突然不見(jiàn)了，并且根據(jù)房中所留下的痕跡來(lái)看，柯南斷言一定有人曾入侵過(guò)這個(gè)房間。