小五郎要去參加米花街業(yè)余文藝會(huì)演，于是便與柯南，目暮警官和街道主管上島長(zhǎng)郎一同前往會(huì)場(chǎng)。途中，小五郎等人順路去了目黑美彌開(kāi)的飯館。大會(huì)結(jié)束后，只剩下了有人找的市松留了下來(lái)。小五郎，上島等人則去咖啡館“meruhenn”繼續(xù)第二攤。不久后目暮警官卻接到電話報(bào)告說(shuō)市松被刺！最終在柯南的推理下終于揭開(kāi)了事件的真相。

由于服部贏得了推理比賽，所以和葉不得不妥協(xié)去和柯南、小蘭等人一起去甲子園球場(chǎng)觀看全日本高中棒球賽，這里不僅因聚集了來(lái)自全國(guó)的各地的棒球精英而名聲大噪，還有四百三十顆翠綠的常春藤也讓人賞心悅目。比賽剛開(kāi)始就讓全場(chǎng)的觀眾熱血沸騰，然而就在這樣熱情的氛圍之下，似乎有著什么不可知的危機(jī)正慢慢靠近……

柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來(lái)自博士初戀情人的信，信上除了說(shuō)每十年在回憶的地點(diǎn)見(jiàn)面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過(guò)推理，他們一行人來(lái)到動(dòng)物園，將信上的數(shù)字與動(dòng)物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會(huì)是阿笠博士的初戀嗎？

某天，一個(gè)自稱杉森政人的作家找到小林老師，說(shuō)想要采訪少年偵探團(tuán)，得知這個(gè)消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來(lái)到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重?fù)簦阉烙诩抑校浇?jīng)過(guò)調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機(jī)中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。

小蘭開(kāi)始懷疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遺落的手機(jī)的小蘭，想用發(fā)送手機(jī)郵件的方法來(lái)確認(rèn)真相。當(dāng)小蘭按下了電源開(kāi)關(guān),卻出現(xiàn)手機(jī)解鎖的畫面。正當(dāng)她為解除4位密碼冥思苦想時(shí)，小蘭回想起半年前與新一的約會(huì)并解出了密碼。但發(fā)送給新一的郵件卻并沒(méi)有發(fā)送到柯南的手機(jī)上，而這時(shí)新一也打來(lái)了詢問(wèn)的電話，最終小蘭打消了對(duì)柯南的懷疑。