少年偵探隊按照暗號分別找到了剩下的兩個時光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個發(fā)現(xiàn)的時光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

小五郎和柯南去拜訪人氣作家梅津修時，撞見了他的兒子與他發(fā)生爭吵的畫面，為了避嫌他們就暫時離開，可是到了傍晚，梅津修卻被人毒死家中，他的手中還拿著一個顛倒的笏，就在他們解謎死亡訊息時，目暮警官和兩個關(guān)系人也匆忙趕來，警方還在死者兒子是的身上搜到了毒藥，本以為一切就此結(jié)束，柯南卻發(fā)現(xiàn)了新的線索，他將小五郎麻醉，說出了事情的真相。

玉之助因為手握兇器帶著怪人面具昏倒在犯案現(xiàn)場而被警察抓走，另一邊接受調(diào)查的贊助商羅臼卻說是玉之助將他邀約出來，這就造成兩人的證詞相互矛盾。柯南在屋頂發(fā)現(xiàn)了擴音器，真相漸漸明晰，這時，警局又傳來消息說確定羅臼就是兇手，因為在拐杖上發(fā)現(xiàn)了他的指紋，并還發(fā)現(xiàn)了投影機之類可以幫助犯案的東西，雖然如此但柯南卻肯定兇手并非羅臼。

柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個別館的地下居然是一個巨大的迷宮，大家團結(jié)一致將衣服拆開，利用毛線引導(dǎo)道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結(jié)束時間只有三個小時，這時，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應(yīng)的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來，這時，時鐘不顧一切的沖向?qū)毑兀降资鞘裁慈耍?/p>

這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說說英理前來拜托希望在她出門的這段時間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍(lán)貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個自稱為桐下的男人來到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來的手機短信。因為短信的內(nèi)容像是什么暗號，桐下無法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號的意義。