土屋益子雖然被認(rèn)為是因?yàn)榇蚱屏司沼倚l(wèi)門(mén)的新作“風(fēng)水丸”而內(nèi)疚自盡的，但柯南在看到現(xiàn)場(chǎng)的血跡時(shí)發(fā)現(xiàn)了不正常的地方，最終確定這是一起殺人事件并推理出了犯人的犯罪手法和兇手的身份。而在鐵證面前兇手也最終承認(rèn)了罪行，坦白了因不愿意益子繼續(xù)將自己的作品作為師父的作品來(lái)欺騙他人而殺人的事實(shí)。

光彥說(shuō)他看到友里百合子在廁所前拼命擦眼淚，這雖然讓大家大吃一驚，但是百合子說(shuō)自己只是去廁所調(diào)整隱形眼鏡而已，這說(shuō)法合情合理，可柯南總覺(jué)得還有疑點(diǎn)，之后灰原一句無(wú)意的話語(yǔ)讓柯南終于明白了事情的真相，于是，他急忙的跑去作案現(xiàn)場(chǎng)找到了證據(jù)，正巧阿笠博士也趕來(lái)接他們，柯南就借阿笠博士之口并重演兇手在放映室的殺人手法，將兇手繩之以法。

平次與和葉為代替母親參加朋友的婚禮而來(lái)到東京，就在大家一起游覽東京的時(shí)候，與即將舉行婚禮的森園家的管家重松相遇，在他的要請(qǐng)下，柯南一行人來(lái)到森園家，不幸的是，重松當(dāng)晚不知被何人在密室所殺，事情還沒(méi)有一個(gè)結(jié)果，大批媒體卻蜂擁而至，警方也趕來(lái)介入調(diào)查，這時(shí)，和葉發(fā)現(xiàn)片桐風(fēng)和櫻庭帶著同樣的墜子。

玉之助半夜悄悄出門(mén)，妹妹小惠和柯南暗中跟蹤到了劇團(tuán)，兩人剛進(jìn)劇團(tuán)就在舞臺(tái)上發(fā)現(xiàn)了被人打昏了玉之助和劇團(tuán)經(jīng)理系江的尸體，而她的身邊有一張紙條和許多木屑。雖然玉之助昏迷但是他卻被認(rèn)定為重要嫌犯，當(dāng)柯南再次來(lái)舞臺(tái)調(diào)查時(shí)，他突然想到了什么便匆忙趕往醫(yī)院，并通知警方好好保護(hù)玉之助，犯人果真去了醫(yī)院，但他身手靈敏，躲過(guò)了警察的追捕，沒(méi)錯(cuò)，這個(gè)人就是半年前消失的江戶小子！

學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒(méi)請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問(wèn)及此事時(shí)，大家也都避而不語(yǔ)，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。