柯南、小蘭和小五郎碰帶了一個深情恍惚的少女，送去醫(yī)院檢查后，醫(yī)生說少女暫時失去記憶，幾人從僅有的信息中找到了她所住的飯店，柯南不停的詢問讓少女頭疼而跑出酒店，突然有一輛汽車迎面開來，但少女靈敏被避開，調(diào)查過程中柯南發(fā)現(xiàn)這名女子身手矯健總能避開危險，她到底是什么人？為什么總遭到襲擊？

毛利偵探事務(wù)所來個叫典子的女人，她拜托小五郎幫她調(diào)查一個叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開后，柯南從典子的朋友那里得知，原來此人是典子的男友，但在六月份遇車禍而死，察覺到典子找北川是想復(fù)仇，他趕緊打電話給小五郎，當(dāng)大家趕北川住處時，典子已至，柯南利用她死去男友最愛的蝦蛄仙人掌讓她放棄復(fù)仇。

柯南三人在去郊游的路上聽到一聲慘叫，趕到現(xiàn)場的時候發(fā)現(xiàn)一名男子痛苦的躺在地上垂死掙扎，不一會就氣絕身亡，在他的旁邊有一瓶卡滋曼，化驗(yàn)結(jié)果顯示，這名男子是中毒而死，有名警員說這個人是米花之狼，曾跟蹤一個女孩子。警方找到這個叫西谷的女孩，詢問后并未發(fā)現(xiàn)異常，但柯南認(rèn)為案件定有蹊蹺，經(jīng)過反復(fù)調(diào)查和設(shè)想，他終于明白了犯人的作案手法。

小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時，因?yàn)槊月泛捅ケ焕г谏缴?，這時又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說。第二天，寬念在修行的房間發(fā)現(xiàn)了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發(fā)生過。

經(jīng)過小五郎和警察和志的勘查，推斷出由美并非自殺而是他殺，小五郎也下定決心要為由美報(bào)仇親手揪出犯人，并將目標(biāo)鎖定在阿淳、和志、行雄和紀(jì)子剩下的朋友中，這時，阿淳說自己曾在五點(diǎn)的時候看到過由美，案件出現(xiàn)了矛盾，死于下午三點(diǎn)的由美怎會在五點(diǎn)的時候出現(xiàn)，這到底是鬼魂還是兇手為了蒙蔽大家采取的手段？